启动子识别

作品数：31被引量：52H指数：5
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基于XGBoost的启动子及其类型识别的两层预测器被引量：1
《现代信息科技》2023年第7期78-81,共4页胡仔豪 
国家自然科学基金(31860312)。
启动子的分类已成为一个有趣的问题,并引起了生物信息学领域许多研究人员的关注。为解决这一问题,进行了多种研究,但其性能结果仍需进一步改进。为此,基于机器学习和深度学习算法,引入了一种智能计算模型,即iPSI(2L)-XGBoost,用于区分...
关键词：启动子 启动子识别 卷积神经网络 多特征融合 XGBoost 
基于Weka平台的分类算法在启动子识别中的应用被引量：2
《智能计算机与应用》2018年第2期190-192,F0003,共4页蒋璐凯 
在"后基因组"时代,对于DNA功能元件的注释,尤其是启动子这类关键的调控元件的鉴定是进一步理解人类基因组繁杂调控网络的重要研究内容。本文基于高通量测序数据对细胞系H1-hesc中的基因启动子进行识别分类,利用数据挖掘软件Weka基于启...
关键词：启动子 高通量测序 WEKA 分类算法 
支持向量机在基因核心启动子识别中的应用研究
《基因组学与应用生物学》2016年第7期1675-1680,共6页李宏彬 赫光中 吴晓明 
国家自然科学基金项目<基因调控序列的信息学识别及若干肿瘤相关基因调控序列的确定>(60601017)资助
核心启动子是DNA转录起始位上游一段可以与引发转录但又不被转录的关键序列。目前启动子预测已经有许多的研究,但预测的准确程度仍有待提高。支持向量机是主要用于分类的一种机器学习方法,它在解决小样本、非线性及高维模式识别中表现...
关键词：核心启动子 支持向量机 识别 
基于单核苷酸统计和支持向量机集成的人类基因启动子识别被引量：1
《计算机应用》2015年第10期2808-2812,共5页徐文轩 张莉 
国家自然科学基金资助项目(61373093);国家级大学生创新创业训练计划项目(201410285032);江苏省自然科学基金资助项目(BK20140008;BK201222725);江苏省高校自然科学研究项目(13KJA520001);江苏省"青蓝工程"资助项目;苏州大学大学生课外学术科研基金资助项目(KY2014687B;KY2015544B;KY2015818B);苏州大学敬文书院"3I工程"项目(29)
为高效地判别人类基因启动子,提出了一种基于单核苷酸统计和支持向量机集成的人类基因启动子识别算法。首先通过基因单核苷酸统计,从而将一个基因数据集分为C偏好和G偏好两个子集;然后分别对这两个子集提取DNA刚性特征、词频统计特征和C...
关键词：CPG岛 DNA刚性 人类启动子识别 KL散度 单核苷酸统计 支持向量机 
应用基于粒子群优化的支持向量机算法识别真核生物基因的RNA聚合酶II启动子序列被引量：1
《生物物理学报》2015年第2期143-153,共11页张文 骈聪 陈园园 张瑾 李琴 张良云 
国家自然科学基金项目(11401311);江苏省自然科学基金项目(BK20141358)~~
启动子是调节基因表达的重要元件,对其的研究对于阐明基因转录调控机制具有重要意义。作者依据RNA聚合酶Ⅱ启动子序列特性选取高效的特征提取方法,构建了基于粒子群优化的支持向量机(particle swarm optimization-support vector machin...
关键词：位置关联权重矩阵 粒子群优化 支持向量机 随机森林 极限学习机 启动子识别 
基于流形结构重建的启动子识别
《计算机工程与科学》2013年第2期96-102,共7页张友新 王立宏 
国家自然科学基金资助项目(61070118;61170224)
启动子识别是生物信息学的一个重要研究方向,根据启动子本身的特点已经有基于信号、内容和CpG岛等多种识别算法。针对基因序列数据数据量大、维数高、非线性的特点,提出了基于流形结构重建的启动子识别算法,先利用非线性降维方法压缩数...
关键词：数据降维 流形学习 启动子识别 
基于特征综合的启动子识别方法
《计算机工程与应用》2012年第11期201-204,共4页刘咏梅 董宜堃 
教育部留学回国人员科研启动基金资助项目;中央高校基本科研业务费专项资金自由探索项目(No.HEUCF100604)
针对真核生物启动子识别的高假阳性现状,提出了一种基于特征综合的真核启动子识别方法。通过提取人类启动子核苷酸联体统计信息作为特征,并使用主成分分析法进行主元提取。将10维主成分特征与2维CpG岛特征进行特征综合,共同作为BP神经...
关键词：启动子 启动子识别 主成分分析 CPG岛 反向传播(BP)神经网络 
应用新的基于知识编码方法及双层SVM识别人类PolⅡ启动子被引量：2
《哈尔滨医科大学学报》2012年第1期23-26,共4页智慧 李通化 
目的优选对人类RNA聚合酶(Pol)Ⅱ启动子数据识别分类并提高识别准确率的方法。方法采用基于知识的统计编码方法、CpG编码、五联体(Pentamers)编码、模式字典(Pattern Dictionary)编码,最后建立共识模型,使用支持向量机(SVM)方法对启动...
关键词：启动子识别 支持向量机 共识模型 双层SVM 生物统计学 
细菌启动子识别及应用研究进展被引量：8
《生物工程学报》2010年第10期1393-1403,共11页徐友强 马翠卿 陶飞 许平 
国家自然科学基金(No30770064);国家高技术研究发展计划(863计划)(No2007AA10Z401);国家重点基础研究发展计划(973计划)(No2007CB707803)资助~~
细菌启动子是细菌中基因表达的必需调控元件,决定了细菌基因表达的强度和时机。通过启动子的插入或缺失,可以改变细菌基因的表达,实现对菌体生长发育以及代谢调控的研究。启动子也是构建各种表达系统、实现异源基因表达的基础。启动子...
关键词：启动子识别 诱导型启动子 启动子应用 
基于半监督聚类的真核启动子识别
《青岛大学学报（自然科学版）》2010年第3期42-46,共5页赵宪佳 
山东省自然科学基金(No.Y2008G08)
首先将待测试的DNA序列片段利用词项-序列矩阵进行表示,然后通过奇异值分解进行降维,最后采用全局一致性和局部一致性兼顾的半监督聚类算法对长的DNA序列片段进行测试,并与现有的几种启动子识别算法的结果进行对比。
关键词：启动子识别 半监督聚类 奇异值分解 
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