张瑾

作品数:16被引量:80H指数:4
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供职机构:南京农业大学理学院更多>>
发文主题:支持向量机全要素生产率增长政策性农业保险混合线性模型全基因组关联分析更多>>
发文领域:生物学经济管理理学更多>>
发文期刊:《南京大学学报(数学半年刊)》《作物学报》《南京农业大学学报》《现代财经(天津财经大学学报)》更多>>
所获基金:国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金江苏省自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
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自然群体多性状表型缺失值预测方法的比较被引量:1
《南京农业大学学报》2022年第2期395-403,共9页王媛 温阳俊 王艳萍 刘汉钦 马若洵 吴清太 张瑾 
国家自然科学基金青年基金项目(32070688,31301229);中央高校基本科研业务费专项资金(JCQY202108)。
[目的]本文旨在探索不同情况下多性状联合插补分析对缺失表型的预测效果。利用统计学方法对缺失表型进行有效预测,可以增大样本量并提高数据分析的准确性。[方法]利用均值法、K邻近(K-nearest neighbor,KNN)、决策树、多重插补法(multip...
关键词:表型缺失数据 预测 插补 多性状 基因 
多位点关联分析方法学的研究进展被引量:2
《南京农业大学学报》2022年第1期1-10,共10页温阳俊 冯建英 张瑾 
国家自然科学基金项目(32070688);中央高校基本科研业务费专项资金(JCQY202108)。
多位点关联分析在人和动植物遗传研究中的应用日益广泛。本文综述了以混合线性模型(mixed linear model,MLM)为框架下多位点关联分析的主要方法及重要软件平台,包括全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)混合线性模型...
关键词:全基因组关联分析 混合线性模型 多位点模型 软件包 组学大数据 
基于FASTmrEMMA、最小角回归和随机森林的全基因组选择新算法被引量:4
《南京农业大学学报》2021年第2期366-372,共7页孙嘉利 吴清太 温阳俊 张瑾 
国家自然科学基金青年基金项目(31301229)。
[目的]本研究将FASTmrEMMA、最小角回归(least angle regression,LARS)和随机森林(random forest,RF)方法应用于全基因组选择,以提高植物数量性状预测的准确性和效率,为植物遗传和育种提供有益信息。[方法]对拟南芥自然群体的模拟数据...
关键词:FASTmrEMMA 最小角回归 随机森林 多基因效应校正 全基因组选择 
植物关联分析方法的研究进展被引量:12
《作物学报》2016年第7期945-956,共12页冯建英 温阳俊 张瑾 章元明 
国家自然科学基金项目(31301004);中央高校基本科研业务费项目(KJQN201422)资助;supported by National Natural Science Foundation of China(31301004);Fundamental Research Funds for the Central Universities(KJQN201422)
关联分析在人类和动植物遗传研究中的应用日益广泛,新方法及其软件包不断涌现。为对其更好选择和应用,本文综述了关联分析的主要方法及其软件包。首先,介绍了群体结构对关联分析的影响;其次,重点介绍了单位点关联分析、多位点关联分析...
关键词:全基因组关联分析 上位性 混合线性模型 多位点模型 
泊松冲击下带有一个贮备部件和修理工的两部件并联可修系统的可靠性分析(英文)
《南京大学学报(数学半年刊)》2015年第1期1-20,共20页吴清太 张瑾 
Supported by the National Science Foundation of China under Grant No.71173109;the Fundamental Research Fund for the Central University of China under Grant No.KYZ201424
研究了由三个同型部件,两个部件并联,一个作冷贮备的可修系统在随机冲击下的可靠性问题.假设冲击流以泊松过程到达,且不同次的冲击量是独立同分布的,都服从某一固定分布.当冲击到达时,它会对系统中工作的部件独立地产生影响,但不对贮备...
关键词:冲击模型 多重休假 向量Markov过程 POISSON过程 可靠性指标 
应用基于粒子群优化的支持向量机算法识别真核生物基因的RNA聚合酶II启动子序列被引量:1
《生物物理学报》2015年第2期143-153,共11页张文 骈聪 陈园园 张瑾 李琴 张良云 
国家自然科学基金项目(11401311);江苏省自然科学基金项目(BK20141358)~~
启动子是调节基因表达的重要元件,对其的研究对于阐明基因转录调控机制具有重要意义。作者依据RNA聚合酶Ⅱ启动子序列特性选取高效的特征提取方法,构建了基于粒子群优化的支持向量机(particle swarm optimization-support vector machin...
关键词:位置关联权重矩阵 粒子群优化 支持向量机 随机森林 极限学习机 启动子识别 
基于粒子群优化的支持向量机算法识别人类基因启动子
《安徽农业大学学报》2015年第2期310-315,共6页张文 陈园园 张瑾 骈聪 李琴 张良云 
教育部博士点基金(20100097110040);中央高校基本科研业务费专项资金(KYZ201125);江苏省自然科学基金(BK20140676;BK20141358)共同资助
人类基因启动子识别是医学研究的基本需要。提取DNA序列碱基的PZ曲线特征、二核苷酸空间结构特征、保守信号似然得分,以及K联体似然得分,结合GC含量变化和非均匀指数,构建基于粒子群优化的支持向量机算法来识别人类基因启动子。利用粒...
关键词:相位特异PZ曲线 粒子群优化 支持向量机 启动子预测 
基因表达数据聚类分析方法的比较
《南京农业大学学报》2014年第6期1-6,共6页张瑾 岳超 章元明 
中央高校基本科研业务费青年基金项目(KJQN201414);国家自然科学基金青年基金项目(31301229)
通过生物信息学分析方法,利用广泛使用的基因芯片技术产生的数万个基因表达数据,揭示基因的功能和相互作用。聚类分析是一种主要的生物信息学分析方法,能高效发掘功能一致的基因。针对基因表达谱聚类分析方法较多、应用者选择方法困难...
关键词:聚类分析 Califiski-Harabasz指数 灵敏值 分类正确率 基因表达谱 
基于位置关联权重矩阵及序列组分的多样性增量识别剪接位点被引量:4
《生物物理学报》2014年第5期391-400,共10页李琴 张瑾 骈聪 陈园园 李强 张良云 
江苏省自然科学基金项目(BK20140676;BK20141358);高等学校博士学科点专项科研基金项目(20100097110040);中央高校基本科研业务费专项资金项目(KYZ201125)~~
前体mRNA的剪接是真核基因表达的关键阶段,识别剪接位点对基因表达也起着至关重要的作用。作者用紧邻与非紧邻的位置关联权重矩阵及组成分的多样性增量得到的五维特征向量来表示序列,应用支持向量机对供体位点和受体位点进行识别。采用5...
关键词:位置关联权重矩阵 多样性增量 支持向量机 剪接位点 
基于3-周期性的基因预测
《安徽农业大学学报》2014年第3期351-357,共7页胡连果 李强 张瑾 张良云 杨涛 骈聪 
国家自然科学基金(11226070)资助
基因预测是DNA序列分析的一项重要任务,真核生物基因外显子序列的识别是生物信息学中的难点,本研究提出一种基于3-周期性小鼠基因的预测方法。基于碱基幅角的功率谱,使小鼠外显子序列的频谱图具有更显著的3-周期性,且内含子的频谱图更...
关键词:功率谱 3-周期性 幅角 信噪比 阈值 
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