启动子预测

作品数：33被引量：40H指数：3
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基于DNABERT编码的启动子预测模型被引量：1
《生物医学工程学进展》2023年第4期364-370,共7页李伟豪 刘喆 林关宁 
国家自然科学基金(82150610506)。
启动子是位于基因上游区域的特定DNA序列,通过识别和预测DNA序列中的启动子,可以更好地理解基因调控的机制,促进生物学和医学研究的进展。通过实验的方法来预测启动子既昂贵又费时,而通过计算方法进行启动子预测同样存在不足之处,如精...
关键词：启动子预测 DNA编码 深度学习 
猪miR-23a-27a-24簇启动子预测及活性分析被引量：1
《石河子大学学报（自然科学版）》2023年第3期279-285,共7页李清春 孙晓梅 孙敬礼 黄涛 
国家自然科学基金项目(31460586,31960645);新疆生产建设兵团科技创新人才计划项目(2020CB018);石河子大学动植物育种专项项目(XJ2019000401)。
目的 本研究旨在对猪miR-23a-27a-24簇(miR-23a-27a-24 cluster)的潜在启动子区域进行预测和分析,为进一步探索miR-23a-27a-24基因对猪转录调控机制的研究奠定基础。方法 利于生物信息学分析猪miR-23a-27a-24簇的启动子区域、CpG岛及其...
关键词：猪 miR-23a-27a-24簇 启动子 转录调控 
基于卷积神经网络的大肠杆菌启动子预测被引量：1
《生物化学与生物物理进展》2022年第7期1334-1347,共14页彭宝成 张晓炜 刘暘 樊国梁 
国家自然科学基金(62063024);内蒙古自治区高等学校科学研究项目(NJZY20005);内蒙古大学大学生创新创业训练计划项目(201912240)资助。
目的基于位点特异性打分矩阵(position-specific scoring matrices,PSSM)的预测模型已经取得了良好的效果,基于PSSM的各种优化方法也在不断发展,但准确率相对较低,为了进一步提高预测准确率,本文基于卷积神经网络(convolutional neural ...
关键词：大肠杆菌 位点特异性打分矩阵 卷积神经网络 多分类 
非洲猪瘟病毒复制相关基因E165R启动子预测及其甲基化分析被引量：4
《中国猪业》2021年第4期51-56,共6页张彦兵 张石磊 刘良波 谢全亮 孙延鸣 
石河子大学高层次人才科研启动项目(RCZK202043)。
ASF(非洲猪瘟)是由ASFV(非洲猪瘟病毒)引起猪的一种烈性、急性、出血性传染病。ASFV基因组为双股线性DNA(170~190 kb),可编码150~200种病毒,已报道ASFV的E165R基因与其复制相关,E165R编码的dUTPase蛋白结构已被解析。本文旨在利用软件...
关键词：ASFV E165R 生物信息 启动子 DNA甲基化 
大豆KTI1基因表达方式分析及其启动子预测被引量：1
《分子植物育种》2021年第2期380-384,共5页赵艳 王珏 刘阔成 孙天国 
齐齐哈尔大学研究生创新科研项目(YJSCX2019052)资助。
为明确大豆胰蛋白酶抑制剂基因(KTI1)在不同逆境、ABA条件下及大豆不同组织中的表达方式,本研究采用实时荧光定量PCR技术检测,结果表明KTI1基因受低温、盐、干旱和ABA诱导,分别在处理10、5、24和1 h时获得诱导最高值,相对表达量分别是...
关键词：大豆 KTI1基因 启动子 
大豆液泡加工酶VPE基因表达方式分析及其启动子预测
《分子植物育种》2020年第13期4182-4187,共6页赵艳 王珏 刘阔成 梁艳 
黑龙江省省属高等学校基本科研业务费科研项目(YSTSXK201879);国家自然科学基金项目(31800515)共同资助。
利用qRT-PCR方法,检测大豆液泡加工酶VPE基因在盐、干旱、低温、ABA条件下及大豆不同组织中的表达情况,结果显示VPE基因在盐、干旱、低温和ABA处理不同时间下,VPE基因的表达趋势基本相同,都是先随处理时间增加表达量升高,只是在盐处理中...
关键词：大豆 VPE基因 启动子 
大豆种子成熟蛋白PM40基因表达方式分析及其启动子预测
《华北农学报》2020年第3期7-11,共5页赵艳 刘阔成 王珏 马晓宇 孙天国 
黑龙江省省属本科高校基本科研业务费青年创新人才项目(135409220)。
研究大豆种子成熟蛋白PM40基因在不同逆境条件下及大豆各组织中的表达情况,并对其上游启动子序列进行生物信息学预测,为揭示PM40基因表达本质及其启动子的功能研究、利用提供理论依据。利用qRT-PCR方法,检测PM40基因在干旱、盐、低温、...
关键词：大豆 PM40基因 启动子 生物信息学 QRT-PCR 
玉米大斑病菌StH-PDE和StL-PDE启动子预测及表达模式分析
《河北农业大学学报》2019年第5期15-20,共6页李天聪 王擎 王建霞 张燕 申珅 
国家自然科学基金项目(31601598);河北省自然科学基金项目(C2018204120);河北省高等学校青年拔尖人才科学技术研究项目(BJ2014349Y)
本研究利用生物信息学手段分析了玉米大斑病菌高亲和力cAMP磷酸二酯酶(High-affinity cAMP phosphodiesterase,H-PDE)和低亲和力cAMP磷酸二酯酶(Low-affinity cAMP phosphodiesterase,L-PDE)氨基酸序列同源性,发现StH-PDE与狂犬壳二胞菌...
关键词：玉米大斑病菌 StH-PDE StL-PDE 启动子 表达模式 
赤狐EDNRB基因编码区序列分析及启动子预测被引量：1
《畜牧与兽医》2019年第8期16-20,共5页胡露露 赵子雅 王瑞宁 王亚琪 刘铮铸 巩元芳 李祥龙 彭永东 
国家自然科学基金项目(31501940);河北省自然科学基金项目(C2016407114;C2017407037;C2017407040);河北省高等学校青年拔尖人才计划项目(BJ2016026);河北省高校创新团队领军人才培育计划项目(LJRC004)
为了研究赤狐内皮素受体B基因(EDNRB)编码蛋白的结构、功能及预测其5′端上游2 000 bp的候选启动子区的核心启动子区与转录因子的结合位点,从NCBI数据库中获得赤狐EDNRB基因的数据,利用生物信息学方法分析其编码区及候选启动子区。结果...
关键词：赤狐 内皮素受体B基因 编码区 候选启动子区 生物信息学 
少孢节丛孢菌Aoz1基因调控区的发掘及分析
《黑龙江畜牧兽医》2018年第23期21-26,共6页王新芳 尹相吉 聂福贵 陈湘江 郭宏年 梁萌 罗小平 钱英红 郭少平 杨晓野 王瑞 
国家重点研发计划项目(2017YFD0501200);国家自然科学基金项目(31460656);内蒙古自然科学基金项目(2014MS0339;2015MS0308);家畜疫病病原生物学国家重点实验室开放基金项目(SKLVEB2017KFKT010;SKLVEB2015KFKT013)
为了确定少孢节丛孢菌内蒙古株丝氨酸蛋白酶Aoz1基因的潜在启动子区,试验采用透析膜培养的方法培养出少孢节丛孢菌内蒙古株并提取基因组DNA,与NCBI上Aoz1基因进行比对,选定Aoz1基因上游侧翼长度为2 000 bp的序列(命名为AP1)并据此设计引...
关键词：少孢节丛孢菌 Aoz1基因 PCR 启动子 生物信息学分析 启动子预测 
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