支持向量机和线性判别分析用于禽流感病毒编码蛋白识别  

作　　者：梁桂兆[1,2,3] 陈泽聪[1,2] 杨善彬[2,3] 梅虎[2,3] 周原[2,3] 舒茂[1,2] 杨力[1,3] 杨胜喜[1,2] 郑小林[2,3] 陈国华[1,2] 周鹏[1,2] 田菲菲[1,2] 廖春阳[1,2] 吴世容[1,2] 李根容[1,2] 李德静[1,2] 何留[1,2] 甘孟瑜[1,2] 高剑坤[1,2,3] 陈国平[1,3] 王贵学[2,3] 龙莎[1,2] 景举华[1,2] 曾晖[1,2] 张巧霞[1,2] 张梦军[1,2,3] 杨娟[1,2,3] 仝建波[1,2] 王娇娜[1,2] 刘永红[1,2] 李波[1] 仇亮加[1] 蔡绍皙[1,3] 赵娜[1,2] 杨艳[1,2] 苏霞利[1,2] 宋健[2] 陈美霞[2] 陈刚[1,4] 张雪姣[1,2] 孙家英[1,2] 李经纬[1,2] 邓婕[1,2] 彭传友[1,2] 李志[1,2] 许罗南[1,2] 廖立敏[1,2] 吴玉乾[1,2] 朱万平[1,2] 苏勤亮[1] 卢大军[1] 李军[1] 黄振虎[1,2] 周萍[1,2] 李志良[1,2] 

机构地区：[1]重庆大学化学化工学院,生物医学工程重庆市重点实验室 [2]湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室,长沙410012 [3]重庆大学生物工程学院,生物力学与组织工程教育部重点实验室,重庆400030 [4]新加坡国立技术学院生命科学技术中心,新加坡139651

出　　处：《中国科学（B辑）》2007年第6期592-596,共5页Science in China(Series B)

基　　金：重庆大学研究生创新团队项目科技创新基金(批准号:200711C1A0010260);国家"春晖计划"教育部启动基金(批准号:99-4-4+37);霍英东基金(批准号:98-7-6);重庆直辖市应用基础基金(批准号:01-3-6);生物力学与组织修复工程创新引智基地(教技[2005]7号111计划);湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室项目(批准号:20050012);重大自主创新科技攻关项目(批准号:03-5-6+04-10-10)资助

摘　　要：以支持向量机(SVM)和线性判别分析(LDA)对200条禽流感病毒、100条B型流感和100条C型流感病毒蛋白共400条为训练集样本,从表征序列的200个整体与局部变量中以逐步(stepwise)方法选取24个变量作为LDA模型的输入建立线性识别模型,病毒蛋白总识别率达99.8%,留一法交互检验总识别率为99.4%.从原始200变量中经主成分分析得16个主成分作为SVM的输入,以径向基核函数(RBF)SVM建立非线性识别模型,病毒蛋白总识别率为99.8%,留一法交互检验总识别率为99.2%.以100条禽流感、50条B型流感和50条C型流感病毒编码蛋白质共200条为测试集样本,得LDA模型,对其总识别正确率为95.4%,SVM模型对其总识别正确率为96.5%.识别结果表明,两个模型都可较好识别禽流感病毒蛋白,并且SVM对禽流感病毒蛋白的识别结果优于LDA.

关 键 词：禽流感病毒 编码蛋白 支持向量机(SVM) 线性判别分析(LDA) 径向基函数(RBF) 

分 类 号：S852.65[农业科学—基础兽医学]