mRNA可变剪接问题的并行化研究  

Parallelization research on mRNA alternative splicing

作　　者：牛北方[1] 郎显宇[1] 陆忠华[1] 迟学斌[1] 

机构地区：[1]中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心

出　　处：《计算机应用研究》2008年第3期705-708,共4页Application Research of Computers

基　　金：国家“863”计划资助项目(2002AA104540);国家自然科学基金资助项目(60533020);国家科技部资助项目(2005DKA64002)

摘　　要：对mRNA可变剪接问题进行了并行化分析和研究,解决了原AltSplice程序中Nbest参数选取欠合理的问题,结合实验实现了基于MPI平台的并行AltSplice版本MPI_AltSplice,并在5万亿次的联想深腾6800高性能计算机上获得了较好的运行性能。This paper conducted a parallel analysis and research on the alternative splicing of mRNA （messenger ribonucleic acid） , executed parallelization of AltSplice program and solved the original less reasonable Nbest parameters. At last, designed and realized MPI_AltSplice under the MPI environment. By tests on the Deepcomp 6800 supercomputer with peak performance 5.3Tflops,obtained the good speed-up and parallel efficiency.

关 键 词：可变剪接 AltSplice 并行化 表达序列标签(EST)序列库 消息传送接口 

分 类 号：TP311.52[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]