郎显宇

作品数：15被引量：22H指数：2
导出分析报告
供职机构：中国科学院计算机网络信息中心更多>>
发文主题：生物信息学负载平衡并行计算搜索INSPECT更多>>
发文领域：自动化与计算机技术生物学自然科学总论电子电信更多>>
发文期刊：《科研信息化技术与应用》《计算机应用研究》《科学通报》《计算机研究与发展》更多>>
所获基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划中国科学院知识创新工程重要方向项目中国科学院知识创新工程更多>>
-
在结果中检索

检索结果分析

署名顺序

  • 全部
  • 第一作者
结果分析中...
共 条 记 录，以下是1-10
全选清除导出
参考文献引证文献引用追踪
视图：
排序：
四种肿瘤体细胞单核苷酸突变检测方法的比较
《科研信息化技术与应用》2017年第6期77-87,共11页李晓东 何小雨 陈玮 李瑞琳 赵丹 祝海栋 张裕 代闯闯 陆忠华 迟学斌 牛北方 郎显宇 
基于国家高性能计算环境的教育实践平台(2016YFB0201900);国家自然科学基金青年基金(61702476);国家自然科学基金面上项目(31771466);青海省科技成果转化专项(2016-SF-127);生态环境损害鉴定评估平台构建及应用示范(2016YFC0503607);个性化药物-基于疾病分子分型的惠普新药研发(XDA12000000)
随着高通量测序成本的不断降低,基于DNA测序技术的肿瘤基因组研究已经成为揭示肿瘤分子机制的主流方法,并在临床诊断和治疗中逐渐得到应用。肿瘤体细胞单核苷酸突变变异(single nucleotide variant,SNV)作为最简单的一种基因变异类型,...
关键词：体细胞单核苷酸变异 基因序列 突变检测 假阳性 测序深度 
蛋白质序列及其翻译后修饰鉴定的盲搜索算法评价
《科研信息化技术与应用》2014年第1期59-69,共11页黄潘育 郎显宇 周纯葆 陆忠华 
国家高技术研究发展计划(863计划)(2006AA01A116)
蛋白质翻译后修饰鉴定是计算蛋白质科学的重要研究方向,研发速度快和精度高的鉴定算法及软件,是该方向的一个主要问题。本文回顾了蛋白质翻译后修饰鉴定的各类算法,并主要对蛋白质序列及其翻译后修饰鉴定的盲搜索算法和软件进行研究。...
关键词：蛋白质序列 翻译后修饰 盲搜索 限定性搜索 
隔离迁移(Isolation with Migration)模型数值计算的并行实现被引量：2
《科研信息化技术与应用》2012年第1期24-29,共6页周纯葆 郎显宇 王彦棡 朱朝东 
中国科学院知识创新工程重要方向性项目(KSCX2-EW-B-02);农业部行业科技专项(201103024)
在群体遗传学和分子生态学研究中,种群的分化分析是一个重要的内容。IM(Isolation with Migration)模型以DNA序列数据为基础同时评估两个种群分化过程中分化时间和迁移概率。IM模型能够模拟许多真实世界中一个种群分行为两个种群的现象...
关键词：隔离迁移(Isolation with migration)模型 MCMC方法 MPI 数据并行 
超大规模序列比对计算的并行优化被引量：2
《计算机应用》2011年第A02期32-35,共4页曹宗雁 郎显宇 刘昕 迟学斌 
国家863计划项目(2006AA01A116);中国科学院"十一五"信息化专项(INFO-115-B01);中国科学院知识创新工程项目(CNIC_QN_10004)
针对生物信息学研究中的超大规模序列比对计算问题进行了研究,解决了现有的e-PCR软件包在处理小麦基因引物扩增比对任务中存在的内存瓶颈、I/O瓶颈和计算时间瓶颈问题,利用数据和任务分割的基本方法,使其最关键的引物与模板的比对计算...
关键词：并行计算 生物信息学 分子标记 序列比对 任务分割 e-PCR 
基于CUDA的蛋白质翻译后修饰鉴定MS-Alignment算法加速研究被引量：1
《计算机应用研究》2010年第9期3409-3414,共6页翟艳堂 涂强 郎显宇 陆忠华 迟学斌 
中国科学院知识创新工程重大项目基金资助项目(KGGX1-YW-13);CNIC主任基金资助项目(CNIC_ZR_09005);财政部国家重大科研装备研制项目(ZDYZ2008-2);中国科学院院长奖获得者科研专项基金资助
对MS-Alignment算法进行分析得出该算法很难满足大规模数据对鉴定速度的要求,而且具有的一个特点是相同的任务在不同的数据上重复计算,为数据划分提供了基础。基于CUDA编程模型使用图形处理器（GPU）对步骤数据库检索及候选肽段生成进...
关键词：蛋白质翻译后修饰鉴定 MS-Alignment 图形处理器 统一计算设备架构 
InsPecT的千核并行及优化
《科研信息化技术与应用》2010年第4期76-82,共7页涂强 郎显宇 陆忠华 迟学斌 
中国科学院知识创新工程重大项目(批准号:KGGX1-YW-13)面向蛋白质科学的高性能计算研究;863项目(批准号:2006AA01A117)中国国家网格运行管理技术研究;863项目(批准号:2006AA01A116)面向科学研究的超级计算服务环境;863项目(编号:2009AA01A130)CNGrid生物信息与计算化学科学计算社区研究与开发;国家自然科学基金(批准号:60533020)当代并行机的并行算法应用基础研究;国家自然科学基金(批准号:60673064)特征信息发现的并行算法及实现研究
蛋白质翻译后修饰(PTMs)在复杂的生命过程中起到极其重要的调控作用,对蛋白质翻译后修饰的研究是对蛋白质结构及其功能分析的深入,也是当前蛋白质组学的重要方向。InsPecT软件由于具备盲搜索功能,在蛋白质翻译后修饰鉴定领域备受关注,...
关键词：蛋白质翻译后修饰鉴定 INSPECT 负载平衡 千核 
InsPecT的2种并行优化方案被引量：1
《计算机工程》2010年第6期100-101,104,共3页涂强 郎显宇 陆忠华 迟学斌 
国家"863"计划基金资助项目"面向科学研究的超级计算服务环境"(2006AA01A116);国家自然科学基金资助项目"当代并行机的并行算法应用基础研究"(60533020);国家自然科学基金资助项目"特征信息发现的并行算法及实现研究"(60673064);中国科学院知识创新工程基金资助重大项目"面向蛋白质科学的高性能计算研究"(KGGX1-YW-13)
InsPecT软件能通过盲搜索对蛋白质翻译后修饰进行鉴定,但其计算时间和复杂度较高。针对该问题分别采用对等模式和主从模式实现2种并行优化方案。比较结果表明,以主从模式并行的InsPecT软件通过动态数据分配和主从处理器间的及时响应,维...
关键词：蛋白质翻译后修饰 InsPecT软件 盲搜索 对等模式 主从模式 
基于新测序技术的比对与组装算法被引量：2
《计算机工程》2009年第20期4-6,共3页牛北方 张西广 刘涛 郎显宇 陆忠华 迟学斌 
国家自然科学基金资助项目“当代并行机的并行算法应用基础研究”(60533020);国家自然科学基金资助项目“特征信息发现的并行算法及实现研究”(60673064);国家科技部基金资助项目“天文、生物信息和计算化学网格计算应用系统建设”(2005DKA64002)
针对新型超高通量测序仪Solexa测序仪所产生的测序片段read的比对与组装问题,提出一种短序列比对与组装算法SRMA,采用对参考序列进行hash的方法,将测序片段read分3段快速、准确地定位于参考序列,对不能定位的read采取从头(Denovo)组装...
关键词：序列比对 组装 新测序技术 
一种Tiling Array信号识别流程的并行优化
《计算机应用研究》2008年第6期1666-1669,共4页余晓哲 郎显宇 陆忠华 迟学斌 
国家自然科学基金资助项目(60673064);国家科学技术部资助项目(2005DKA64002)
针对一种非常有效的信号识别算法——滑窗法(sliding window,SW),在其嵌入的串行信号识别流程基础上提出并行处理方案,并基于MPI(message passing interface)平台实现并行优化版本。这在基因芯片研究领域是个崭新的思路。最后,根据公共...
关键词：基因芯片 TILING ARRAY 信号识别流程 滑窗法 消息传递接口 
mRNA可变剪接问题的并行化研究
《计算机应用研究》2008年第3期705-708,共4页牛北方 郎显宇 陆忠华 迟学斌 
国家“863”计划资助项目(2002AA104540);国家自然科学基金资助项目(60533020);国家科技部资助项目(2005DKA64002)
对mRNA可变剪接问题进行了并行化分析和研究,解决了原AltSplice程序中Nbest参数选取欠合理的问题,结合实验实现了基于MPI平台的并行AltSplice版本MPI_AltSplice,并在5万亿次的联想深腾6800高性能计算机上获得了较好的运行性能。
关键词：可变剪接 AltSplice 并行化 表达序列标签(EST)序列库 消息传送接口 
全选清除导出
共2页<12>
检索报告 对象比较 聚类工具 使用帮助 返回顶部