InsPecT的2种并行优化方案  

Two Parallel Optimization Schemes for InsPecT

作　　者：涂强[1] 郎显宇[1] 陆忠华[1] 迟学斌[1] 

机构地区：[1]中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心,北京100190

出　　处：《计算机工程》2010年第6期100-101,104,共3页Computer Engineering

基　　金：国家"863"计划基金资助项目"面向科学研究的超级计算服务环境"(2006AA01A116);国家自然科学基金资助项目"当代并行机的并行算法应用基础研究"(60533020);国家自然科学基金资助项目"特征信息发现的并行算法及实现研究"(60673064);中国科学院知识创新工程基金资助重大项目"面向蛋白质科学的高性能计算研究"(KGGX1-YW-13)

摘　　要：InsPecT软件能通过盲搜索对蛋白质翻译后修饰进行鉴定,但其计算时间和复杂度较高。针对该问题分别采用对等模式和主从模式实现2种并行优化方案。比较结果表明,以主从模式并行的InsPecT软件通过动态数据分配和主从处理器间的及时响应,维持了更优的负载平衡,其加速效果较明显。InsPecT can identify protein post-translational modifications by blind search, but needs a lot of calculation time and with high complexity. Aiming at the problem, this paper uses P2P mode and master-slave mode to realize two parallel optimization schemes. Comparison results show that with adopting dynamic data distribution and timely response between master processor and slave processor, parallel InsPecT with master-slave mode receives a better load balance and higher speedup effect.

关 键 词：蛋白质翻译后修饰 InsPecT软件 盲搜索 对等模式 主从模式 

分 类 号：N945.15[自然科学总论—系统科学]