蛋白质序列

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AI 大模型跨越物种边界,解码生命“密码全书”
《天天爱科学》2025年第2期6-9,共4页
斯坦福大学布莱恩·海伊(Brian L.Hie)团队在《科学》杂志上发表了一项开创性研究成果--Evo,-个能够解码和设计DNA、RNA和蛋白质序列的大规模基因组基础AI模型。根据研究团队描述,Evo模型在进行了3000亿次DNA训练后,能够在特定情况下进...
关键词：《科学》杂志 基因预测 布莱恩 斯坦福大学 实验检验 AI 蛋白质序列 研究团队 
AcidBasePred:基于深度学习的蛋白酸碱耐受性预测平台
《生物工程学报》2024年第12期4670-4681,共12页黄蓉 张鹤渐 吴敏 门志月 初环宇 白杰 常宏 程健 廖小平 刘玉万 宋亚囝 江会锋 
国家重点研发计划(2021YFC2103500)。
酶的结构和活性受环境pH值的影响。了解酶对极端pH值的适应机制并进行区分,对于阐明酶的分子机制和工业应用具有重要意义。本研究利用ESM-2蛋白质语言模型对最适pH值大于等于9和/或小于等于5的微生物的分泌蛋白进行编码,分别获得了4772...
关键词：酶 蛋白质序列 酸碱耐受性 深度学习 预测平台 
固定骨架的从头蛋白质设计:多目标优化与深度学习算法研究进展
《江苏科技大学学报(自然科学版)》2024年第6期69-75,共7页李瑞祥 沈红斌 
国家自然科学基金项目(62073219)。
固定骨架的蛋白质设计通过计算的方法生成能够折叠为目标蛋白结构的氨基酸序列,该过程可以被视作蛋白质结构预测的逆过程.蛋白质的功能与结构有着紧密的联系,因此基于特定结构的蛋白质设计在酶、疫苗、制药、蛋白质材料等领域都有着潜...
关键词：蛋白质设计 能量函数 多目标优化 深度学习 蛋白质序列与结构 
基于混合深度学习的蛋白质-多肽结合位点识别研究
《安庆师范大学学报（自然科学版）》2024年第3期101-106,共6页朱琪 郑美丽 张步忠 
安徽省高校优秀人才支持计划项目(gxyq2020029);安庆师范大学2021年度研究生学术创新项目(2021yjsXSCX014)。
蛋白质和多肽间的相互作用机制非常重要,且使用计算方法预测蛋白质-多肽相互作用位点能快速定位并有效降低研发成本。然而,现有模型预测两者结合位点的准确率不高,并且难以处理数据不平衡问题。基于此,本文提出了一个基于混合深度学习...
关键词：蛋白质-多肽 相互作用位点识别 深度学习 不平衡数据 蛋白质序列 
大语言模型在蛋白质设计中的应用综述
《基因组学与应用生物学》2024年第8期1303-1320,共18页张锦雄 孟雪莉 陈燕 韦松键 吕丽兰 胡小春 
国家自然科学基金项目(62362004);广西重点研发计划项目(桂科AB24010031)资助。
在蛋白质设计领域,人工智能技术的应用已经催生了一些大模型。蛋白质的计算设计是指利用计算机技术辅助确定蛋白质的氨基酸序列,实现预设的结构和功能的过程。基于计算的蛋白质设计可进行改造设计或从头设计。特定功能的蛋白质快速生成...
关键词：蛋白质序列 蛋白质结构 大语言模型 Transformer架构 
基于费马螺线的蛋白质序列图形表示
《中国食品工业》2024年第16期125-127,共3页黄嘉禾 
广义迭代函数在亚细胞定位中的应用研究(KY2022019)。
本文通过将费马螺线运用到蛋白质图形表示中,提出了一种适用范围更加广泛且更加直观性的蛋白质序列图形表示方法。该方法将蛋白质序列经由不同的氨基酸分成20个子序列,对每个子序列运用费马螺线将其映射为二维非退化的图形。结合实际研...
关键词：蛋白质序列 氨基酸 费马螺线 蛋白中功能与结构 
基于层级和全局特征结合的蛋白质序列EC编号预测被引量：1
《遗传》2024年第8期661-670,共10页杨帆 韩巧玲 赵文迪 赵玥 
国家自然科学基金面上项目(编号:32071838);国家自然科学基金青年科学基金项目(编号:32101590)资助。
酶功能的识别对理解生命活动的机制、推进生命科学的发展有重要作用。然而现有的酶EC编号预测方法,并未充分利用蛋白质序列信息,在识别精度上仍有所不足。针对上述问题,本研究提出一种基于层级特征和全局特征的EC编号预测网络(EC number...
关键词：酶功能预测 蛋白质序列 深度学习 层级多标签分类 全局特征 
利用Transformer的组合聚类算法在蛋白质数据分析中的应用
《无线互联科技》2024年第14期74-81,共8页陈祥龙 李海军 赵福军 袁媛 
三亚学院硕士研究生导师“产教融合”研究项目,项目编号:USY23CJRH03。
该研究将Transformer模型适配于蛋白质特征降维场景,通过其特有的自注意力机制,赋予模型对长程依赖关系的较好建模性能,同时,多头注意力设计使得模型能够从不同角度捕获特征间的相互作用,进一步提升降维结果的表达力和鲁棒性。文章提出...
关键词：蛋白质序列 Transformer模型 聚类算法 马氏距离 随机游走 灰狼优化算法 
基于InceptionV3_SVM模型的蛋白质-ATP绑定位点预测
《电脑知识与技术》2024年第14期4-9,17,共7页宋泽瑞 宋初一 宋佳智 姜静清 
国家自然科学基金(项目编号:62162050);内蒙古民族大学博士科研启动基金项目(项目编号:KYQD23006);三亚学院中青年教师(科研类)培养项目(项目编号:USYJSPY24-52)。
蛋白质-ATP绑定位点预测作为近年来生物医学领域的热点研究之一,对于医药学的发展极其重要。为了提高蛋白质-ATP绑定位点预测的准确率,提出了一种基于深度卷积神经网络和支持向量机融合(InceptionV3_SVM)的预测方法。首先对蛋白质序列...
关键词：蛋白质-ATP绑定位点 深度卷积神经网络 蛋白质序列 特征提取 SVM 
2024年值得关注的7项技术
《科技导报》2024年第8期F0002-F0002,共1页
1面向蛋白质设计的深度学习从头设计蛋白质已经成为一种实用的工具,用于生成定制的酶和其他蛋白质。在这背后,深度学习功不可没。其中,“基于序列”的算法使用大型语言模型,能够像处理包含多肽“单词”的文档一样,通过处理蛋白质序列辨...
关键词：深度学习 语言模型 蛋白质序列 蛋白质结构 文档 定制 
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