张锦雄

作品数:20被引量:54H指数:5
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供职机构:广西大学计算机与电子信息学院更多>>
发文主题:MPI实现MPI图像重建算法电容层析成像系统电容层析成像更多>>
发文领域:自动化与计算机技术生物学理学文化科学更多>>
发文期刊:《广西大学学报(哲学社会科学版)》《自动化仪表》《广西大学学报(自然科学版)》《基因组学与应用生物学》更多>>
所获基金:广西壮族自治区自然科学基金国家自然科学基金广西高等教育教学改革工程“十一五”立项项目广西研究生教育创新计划更多>>
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大语言模型在蛋白质设计中的应用综述
《基因组学与应用生物学》2024年第8期1303-1320,共18页张锦雄 孟雪莉 陈燕 韦松键 吕丽兰 胡小春 
国家自然科学基金项目(62362004);广西重点研发计划项目(桂科AB24010031)资助。
在蛋白质设计领域,人工智能技术的应用已经催生了一些大模型。蛋白质的计算设计是指利用计算机技术辅助确定蛋白质的氨基酸序列,实现预设的结构和功能的过程。基于计算的蛋白质设计可进行改造设计或从头设计。特定功能的蛋白质快速生成...
关键词:蛋白质序列 蛋白质结构 大语言模型 Transformer架构 
基于子块矩阵马尔可夫聚类识别动态蛋白质相互作用网络功能模块
《基因组学与应用生物学》2024年第2期217-227,共11页张锦雄 潘扬健 孟雪莉 唐伊红 巴依提力·努尔旦艾力 王鑫 左振文 陈清华 郭顶亮 韦冰冰 陈陆坤 
国家自然科学基金(62362004)资助。
细胞生物过程具有时序动态性,蛋白质功能模块是驱动细胞生物过程的功能单位。为了蛋白质功能模块识别,本文将细胞生物过程建模为动态时序表达相关蛋白质相互作用网络(DTEPIN);构建子块矩阵以表示动态时序表达相关蛋白质相互作用网络;利...
关键词:蛋白质功能模块 蛋白质-蛋白质相互作用 动态时序表达 马尔可夫聚类 GPU并行计算 
基于蛋白质相互作用网络的蛋白质复合物和功能模块预测算法研究进展被引量:1
《广西科学》2022年第2期221-240,共20页张锦雄 钟诚 
广西自然科学基金项目(2014GXNSFAA118396)资助。
蛋白质相互作用网络中的模块化结构通常对应于蛋白质复合物或者蛋白质功能模块。基于蛋白质相互作用网络预测蛋白质复合物和功能模块不仅有助于理解生命有机体的细胞生物过程,而且可为探讨疾病的发生、发展和治疗以及合理的药物开发提...
关键词:静态蛋白质相互作用网络 动态蛋白质相互作用网络 蛋白质复合物 功能模块 预测算法 
《高级计算机体系结构》课程改革探讨
《教育教学论坛》2019年第28期80-81,共2页刘峻 钟诚 陆向艳 唐天兵 张锦雄 黄毅然 李娜 
广西大学研究生课程建设项目(编号:YKJYZ2017005);广西研究生教育创新计划(编号:JGY2018005,JGY2015004)
随着高性能计算机体系结构的快速发展,出现了与此相关的大量新概念与新技术。因此,在高校硕士研究生教学中需要对《高级计算机体系结构》进行相应改革。文章探讨了新形势下面向计算机专业硕士生的《高级计算机体系结构》课程的教学内容...
关键词:体系结构 高性能计算 课程建设 教学改革 
基于GPU实现允许k-差别近似串匹配并行算法被引量:3
《广西大学学报(自然科学版)》2011年第2期285-291,共7页张锦雄 梁正友 蔡德霞 韦兴柳 
广西自然科学基金资助项目(桂科自0832059)
为了在GPU上实现允许k-差别近似串匹配并行算法,并进一步提高在GPU上的算法性能,在综合考虑GPU的存储层次前提下,采取了多种访存优化措施,并提出了避免bank冲突的解决方案。测试结果表明,所用优化措施及方案使算法性能明显提高。
关键词:k-差别近似串匹配 GPU CUDA 访存优化 bank冲突 
基于OpenMP的对称矩阵LDL^T分解并行算法实现被引量:2
《广西科学院学报》2008年第3期248-250,共3页张锦雄 韦化 
分析对称矩阵LDLT分解过程的并行结构,给出对称矩阵LDLT分解的并行算法,然后考虑粗粒度组合后的负载平衡,提出基于OpenMP的对称矩阵LDLT分解并行算法的实现方案,并对该方案的并行计算性能进行数值实验.实验表明,基于OpenMP的对称矩阵LDL...
关键词:并行计算 对称矩阵 LDL^T分解 OPENMP 
以能力培养为核心的程序设计课程教学研究与探索被引量:6
《广西大学学报(哲学社会科学版)》2008年第z2期36-37,共2页李陶深 杨柳 张锦雄 陈秋莲 
广西高等教育教学改革工程“十一五”立项项目(桂教高教[2006]194号)
程序设计能力培养对计算机与信息技术类专业人才素质培养是至关重要的。分析计算机程序设计教学的现状与存在问题,提出以能力培养为核心,"边学理论、边做实践,学以致用,重实际编程能力培养"的教学改革思路,介绍了具体的实施方法和教学...
关键词:程序设计 实践能力 编程能力 教学方法 自主学习 
并行查找算法的MPI实现
《广西大学学报(自然科学版)》2005年第S2期90-91,共2页毛泽华 张锦雄 黄纪武 李松涛 
广西大学第二批创新学分项目
本文对一种并行查找算法进行介绍,然后给出其MPI实现,并进行时间复杂度分析.
关键词:并行查找 MPI 
快速排序异步并行算法的多线程实现被引量:2
《广西科学院学报》2005年第S1期53-54,64,共3页石壬息 张锦雄 王钧 罗晶晶 闫铁 潘宏胜 冯涛 
分析快速排序异步并行算法的排序过程,给出快速排序异步并行算法的多线程实现方式,指出算法多线程实现的特性。
关键词:快速排序 异步并行 多线程 算法 
矩阵相乘并行算法的MPI实现被引量:3
《广西科学院学报》2004年第4期217-219,共3页张锦雄 
介绍行列划分算法和矩阵相乘并行算法 MPI程序 ,给出基于矩阵相乘并行算法的 MPI实现 ,分析和讨论处理器数目、复杂性、矩阵划分、B子块传递、死锁避免和矩阵数据的获取等问题 .
关键词:矩阵相乘 MPI 并行算法 处理器 数据 划分 程序 子块 传递 数目 
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