基于GPU实现允许k-差别近似串匹配并行算法  

Implementing parallel algorithm for approximate string matching with k-differences based on GPU

作　　者：张锦雄[1] 梁正友[1] 蔡德霞[1] 韦兴柳[1] 

机构地区：[1]广西大学计算机与电子信息学院,广西南宁530004

出　　处：《广西大学学报（自然科学版）》2011年第2期285-291,共7页Journal of Guangxi University（Natural Science Edition）

基　　金：广西自然科学基金资助项目(桂科自0832059)

摘　　要：为了在GPU上实现允许k-差别近似串匹配并行算法,并进一步提高在GPU上的算法性能,在综合考虑GPU的存储层次前提下,采取了多种访存优化措施,并提出了避免bank冲突的解决方案。测试结果表明,所用优化措施及方案使算法性能明显提高。To implement parallel algorithm for approximate string matching with k-differences on GPU and further improve performance with consideration of the GPU memory hierarchy,several optimal accessing schemes are discussed with solution for avoiding bank conflicting.Experimental results show that the proposed optimal accessing scheme can result in significant improvement of the algorithm.

关 键 词：k-差别近似串匹配 GPU CUDA 访存优化 bank冲突 

分 类 号：TP311.11[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]