一种Tiling Array信号识别流程的并行优化  

Parallel signal identification pipeline based on Tiling Array data

作　　者：余晓哲[1] 郎显宇[1] 陆忠华[1] 迟学斌[1] 

机构地区：[1]中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心,中国科学院研究生院北京100080

出　　处：《计算机应用研究》2008年第6期1666-1669,共4页Application Research of Computers

基　　金：国家自然科学基金资助项目(60673064);国家科学技术部资助项目(2005DKA64002)

摘　　要：针对一种非常有效的信号识别算法——滑窗法(sliding window,SW),在其嵌入的串行信号识别流程基础上提出并行处理方案,并基于MPI(message passing interface)平台实现并行优化版本。这在基因芯片研究领域是个崭新的思路。最后,根据公共数据Affymetrix(2005) Tiling Array,展示SW并行流程的运行性能。实验结果表明,信号识别流程的并行化对大规模的数据运算非常有效且十分必要。This paper focused on an effective signal identification algorithm,sliding window（SW）,promoted parallel method on the basis of serial realization in which it was embedded and completed an optimal parallel program using MPI（message passing interface）,which was a brand-new thought in the gene chip field.A conclusion was drawn from the result testing on the public Affymetrix Tiling Array data that parallel processing is necessary and has good effect on signal identification pipeline.

关 键 词：基因芯片 TILING ARRAY 信号识别流程 滑窗法 消息传递接口 

分 类 号：TP312[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]