基于统计建模的系统发育谱方法研究  

Research of a statistic model based phylogenetic profile method

作　　者：马志强[1,2] 马雅楠[2] 孙平平[2] 魏雅卓[2] 陆林英[2] 崔颖[2] 周春光[1] 

机构地区：[1]吉林大学计算机学院,长春130000 [2]东北师范大学计算机学院,长春130117

出　　处：《生物信息学》2008年第4期176-177,182,共3页Chinese Journal of Bioinformatics

基　　金：教育部应用统计重点实验室资助

摘　　要：系统发育谱算法作为一种有效的大规模基因组功能注释方法,已经被成功的应用到原核生物基因组的功能注释中去。通过对系统发育谱方法中的一个关键环节——相似谱的聚类进行分析,提出了一种基于统计建模的方法来对相似的系统发育谱进行聚类。实验表明,该方法在保证较高的覆盖率的同时,还有效的提高了算法的整体速度,且当参与建模的系统发育谱的数目越大时,算法的精确度越高。As one of the powerful genome functional annotation methods, phylogenefic profiling has been successfully used in the functional prediction of Prokaryotes genome, This paper analyzed the key step of this method clustering of genes with similar profiles and proposed a statistic model based phylogenetic profile method to cluster similar profdes. Experimentation results demonstrated that this method could give a higher coverage and it also improved the speed compared with exiting phylogenetic profile method.

关 键 词：系统发育谱 功能相关性 参照基因组 统计建模 聚类 

分 类 号：TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术]