基于茎区的自由能算法预测RNA二级结构  

A Helix-based Minimum Free Energy Algorithm for RNA Secondary Structure Prediction

作　　者：夏培明[1] 张岩[1] 

机构地区：[1]哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院

出　　处：《微计算机信息》2009年第9期139-141,共3页Control & Automation

基　　金：基金申请人:张岩;国家自然科学基金;项目名称:类别驱动的RNA二级结构预测方法研究;基金颁发部门:国家自然科学基金委(60701011)

摘　　要：预测RNA分子的二级结构是计算生物学中的一个重要研究内容,本文在传统的最小自由能算法的基础上,提出了基于茎区的自由能算法,该算法时间复杂度O(n3),空间复杂度O(n2),能够预测RNA二级结构及其假结。Predicting of RNA secondary structure is an important content in computational biology. Based on minimum free energy principle, a new prediction algorithm-helix-based dynamic programming is presented. The time complexity is O（n^3） while the space complexity is O（n^2）. It has a good result in predicting RNA secondary structure including pseudoknots.

关 键 词：RNA二级结构 茎区 自由能算法 假结 

分 类 号：Q7[生物学—分子生物学]