一种新的拓扑参数及其蛋白质网络关键节点识别  

New topological parameter for recognition of essential node in protein networks

作　　者：黄海滨[1,2] 王建新[1] 邵平[1,2] 

机构地区：[1]中南大学信息科学与工程学院,长沙410083 [2]玉林师范学院数学与计算机科学系,广西玉林537000

出　　处：《计算机应用研究》2009年第8期2842-2846,共5页Application Research of Computers

基　　金：国家自然科学基金重点资助项目(60433020);新世纪优秀人才支持计划资助项目(NCET-05-0683);长江学者和创新团队发展计划资助项目(IRT0661)

摘　　要：针对已有拓扑参数对关键蛋白识别度不高的现状,根据蛋白质网络的特点,结合参数计算方法,提出一个新的用来描述节点重要性的拓扑参数——点覆盖参数。为了避开该参数精确求解方法中可能出现的NP-难问题,从稀疏网络出发,在研究低度点核化技术的基础上,将确定算法与非确定算法相结合,提出基于随机核化的快速算法(A_R_K算法)。实验结果显示,所获得的点覆盖参数不仅可以有效地描述网络节点的拓扑重要性,而且其关键蛋白识别度也明显高于其他参数。For the low recognition degree in the identification of essential protein based on topological parameter, this paper proposed a new parameter-vertex cover parameter （VP） to describe the importance of a node in a network in virtue of parameterized computation. To avoid the NP-hard which probable met in the process of getting the parameter with exact methods, studied the kernelization by low degree nodes and the combination of exact and no-exact algorithms according to the sparseness of protein networks, and put forward a quick algorithm （A_R_K algorithm ） based on randomized kernelization. In experiments, the parameter shows not only an effective description of a node topological importance but also a high recognition degree of essential protein.

关 键 词：拓扑参数 蛋白质网络 关键节点 模式识别 参数计算 

分 类 号：TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构]