Wolbachia pipientis wMel基因组水平上的密码子使用分析  

作　　者：孙铮[1,2] 马亮[3] MURPHY Robert 张宪省[6] 黄大卫[1,3] 

机构地区：[1]山东农业大学植物保护学院,泰安271018 [2]黄岛出入境检验检疫局,青岛266555 [3]中国科学院动物研究所,北京100080 [4]Department of Natural History,Royal Ontario Museum,100 Queen'sPark,Toronto,ON Canada M5S 2C6 [5]中国科学院昆明动物研究所遗传与进化国家重点实验室,昆明650223 [6]山东农业大学生命科学学院,泰安271018

出　　处：《中国科学（C辑）》2009年第10期948-953,共6页Science in China(Series C)

基　　金：国家自然科学基金(批准号:30570970和30770302);科学技术部科技基础性工作专项重点项目(批准号:2006FY110500);国家基础科学人才培养基金(批准号:NSFC-J0630964/J0109)资助

摘　　要：本实验检测了黑腹果蝇的专性寄生菌Wolbachia pipientis wMel基因组的密码子使用模式，并推测影响其密码子组成的因素．选择了478条蛋白编码基因作为研究对象，它们的GC含量比较低，约0．282～0．432．本研究结果显示，关联突变（context-dependent mutation）是影响W.pipientis wMel基因组密码子组成的主要因素．同时，Nc—Plot曲线显示，基因组的密码子组成还受到了核苷酸组成偏好性（nucleotide composition bias）的影响．对应分析的结果显示，基因长度（R=0．123，P〈0．01）和基因表达水平（R=-0．312，P〈0．01）也对基因组的密码子使用偏好性起到了一定的作用．因此，关联突变、核苷酸组成、基因长度和基因表达水平都会影响到基因组的密码子使用偏好性．Wolbachia基因组的几个特征和动物线粒体基因组具有较高的相似性，而且现在已有报道说明它们有共同的起源，但仍需进一步验证．

关 键 词：Wolbaehia PIPIENTIS wMel 密码子使用 对应分析 关联突变 

分 类 号：Q75[生物学—分子生物学]