生物信息学研究揭示乳腺癌组织分化中可能的microRNA调控通路  

作　　者：裴云飞[1] 王志敏 费菲[3] 邵志敏[3] 黄薇 张学工[1] 

机构地区：[1]生物信息学教育部重点实验室,清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学部,清华大学自动化系,北京100084 [2]国家人类基因组南方研究中心,上海201203 [3]复旦大学附属肿瘤医院乳腺癌研究所,复旦大学上海医学院肿瘤学系,上海200032

出　　处：《科学通报》2010年第8期660-668,共9页Chinese Science Bulletin

基　　金：国家自然科学基金(批准号:30625012;30625019和60721003);国家重点基础研究发展计划(编号:2004CB518605);国家高技术研究发展计划(编号:2006AA02Z325)资助项目

摘　　要：microRNA(miRNA)被广泛报道能参与乳腺癌的病理发生发展过程.但是,在这些病理过程中,miRNA通过哪些信号通路来参与这些过程还不甚清楚.例如,在乳腺癌的组织学分级分化过程中,人们对于miRNA如何与其靶标基因相互作用来调控乳腺癌的分化还知之甚少.本研究通过计算的方法研究miRNA在乳腺癌组织学分级分化过程中的作用.通过寻找miRNA靶标基因集合在基因芯片数据中乳腺癌Ⅰ级和Ⅲ级间显著差异表达,鉴定了15个候选miRNAs,其中9个关键的miRNAs通过调控差异表达的靶基因来参与6个重要的信号转导通路.在这些通路中,TGF-β信号通路中一个主要的抑制分子SMAD7蛋白被预测为上面几个关键miRNAs的靶标基因.SMAD7既能被miRNA直接调控又能被miRNA调控的信号通路调控,进而影响TGF-β信号通路在乳腺癌组织分化中的作用.因此,我们推测TGF-β信号通路作为一个核心通路在miRNA调控乳腺癌的组织分化过程中起重要作用.预测靶标基因在乳腺癌Ⅰ级和Ⅲ级的分类性能在另外3个独立的乳腺癌数据集上得到进一步验证.3个预测差异表达的关键miRNAs也通过实时荧光定量PCR在10个不同组织分级的乳腺癌病人样本中得到验证.

关 键 词：MICRORNA 组织分级 乳腺癌 TGF-β通路 组织分级 

分 类 号：R737.9[医药卫生—肿瘤]