黑腹果蝇miRNA前体的预测  

Prediction of miRNA in Drosophila melanogaster

作　　者：马闯[1,2] 胡星驰[1,2] 童潘[1,2] 黄慧艳[1,2] 

机构地区：[1]华中科技大学湖北省生物信息与分子成像重点实验室,湖北武汉430074 [2]华中科技大学生命科学与技术学院,湖北武汉430074

出　　处：《中南林业科技大学学报》2010年第6期127-131,共5页Journal of Central South University of Forestry & Technology

基　　金：国家自然科学基金重大研究计划项目(90608020);科技部国家科技基础条件平台建设专项"人类遗传疾病相关基因的生物信息学分析与预测"(2005DKA64001);生物信息学网络计算应用系统-基因组结构自动注释系统及其应用项目;国家大学生创新实验计划项目

摘　　要：MicroRNA(miRNA)是一类长度约23 nt的内源性单链小分子RNA,它通过与靶标结合位点区域的碱基互补结合来调控靶标基因的表达。通过寻找潜在的miRNA结合位点预测miRNA前体,首先在黑腹果蝇mRNA的3’UTR区域中搜寻潜在的miRNA结合位点,然后根据碱基配对原则以及miRNA前体的结构序列特征来预测可能存在的miRNA前体。在黑腹果蝇全基因组范围内对其miRNA的预测结果证实了该方法的有效性。该方法还可应用到其他物种的miRNA发现研究中。MicroRNA（miRNA） is a class of short,~23 nucleotide single-stranded RNA,and can regulate the expression of target genes by binding to complementary sites in the 3＇UTR of target genes.miRNA genes were predicted by referring to the possible binding sites of target genes.Firstly,candidate miRNA binding sites were extracted from 3＇UTR in mRNAs of Drosophila melanogaster using the genomic sequences alignments.Further,based on the extracted binding sites,miRNA genes were predicted by using the rule of base paring and sequence-structure features found in known miRNAs.The results show that this method is effective to predict miRNA on the Drosophila melanogaster genome.The method can also be used in predicting miRNAs of other organisms.

关 键 词：生命科学与技术 黑腹果蝇 MIRNA 靶标基因 结合位点 

分 类 号：Q811.4[生物学—生物工程] Q75