基于串联质谱的快速肽段鉴定算法  

Fast Peptide Identification Algorithm Based on Tandem Mass Spectrum

作　　者：邵明芝[1,2] 徐云[1,2] 王颖[1,2] 李文军[1,2] 

机构地区：[1]中国科学技术大学计算机科学技术系,合肥230026 [2]安徽省高性能计算重点实验室,合肥230026

出　　处：《计算机工程》2010年第18期214-216,共3页Computer Engineering

基　　金：国家自然科学基金资助重点项目"当代并行机的并行算法应用基础研究"(60533020)

摘　　要：在现有RT-PSM算法的基础上,完成蛋白质数据库酶切成肽段数据库的转换过程,提出有效峰提取的优化策略,设计一个肽段鉴定算法——FPI-PSM。对于没有翻译后修饰的情形,采用Keller数据集进行测试。与RT-PSM算法相比,FPI-PSM算法的灵敏度提高了5%,每个质谱的平均鉴定时间从13.6 ms下降到5.6 ms。Based on existing RT-PSM algorithm, this paper proposes a new peptidc identification algorithm called FPI-PSM, which transforms the digestion of protein into peptide database and proposes an optimization strategy for effective peak extraction. Ignoring post-translational modification, it conducts tests on the recognized Keller dataset. Compared to RT-PSM, FPI-PSM improves the sensitivity by 5%, and decreases the average time of identifying each mass spectra from 13.6 ms to 5.6 ms.

关 键 词：串联质谱 肽段鉴定 碎片离子 有效峰提取 

分 类 号：TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术]