基于遗传算法的多序列比对算法研究  

RESEARCH OF MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT BASSED ON GENETIC ALGORITHM

作　　者：贺向敏[1] 周根宝[1] 

机构地区：[1]内蒙古农业大学计算机与信息工程学院,呼和浩特010018

出　　处：《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》2010年第3期267-271,共5页Journal of Inner Mongolia Agricultural University(Natural Science Edition)

基　　金：内蒙古自治区自然科学基金项目(200408020110)

摘　　要：本文主要研究用改进的遗传算法解决多序列比对问题。针对基本遗传算法收敛速度慢、容易陷入局部最优解的不足,提出1种分层遗传算法,同时在低层遗传算法中采用不同的遗传算子以达到整体收敛速度快、避免局部收敛的效果。文中还提出了1种新的初始化方法,以提高算法的稳定性。最后通过实验分析,验证了算法的可行性、有效性。This thesis mainly concentrates on solving multiple sequence alignments＇ problem by GA.Simple genetic algorithm has a slow convergence rate and hardly gets the global optimal solution,so Hierarchic Genetic Algorithm（HGA） is used here.For solving the simple genetic algorithm＇s shortage,several different heredity operators are used in HGA,in order to increase the algorithm＇s convergence rate and avoid the local optimal problem.A new initialization method is proposed in the article,which can enhance algorithm stability.Finally through some experiment,it confirms that the algorithm of this thesis is feasible and effective.

关 键 词：生物信息学 序列比对 多序列比对 遗传算法 

分 类 号：TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构]