果蝇非经典剪接位点的生物信息学预测  

Bioinformatics Prediction of Non-Canonical Splice Sites in Drosophila melanogaster

作　　者：冯桂海[1] 何涛[1] 汪莉[1] 王玉民[1] 

机构地区：[1]军事医学科学院生物工程研究所,北京100071

出　　处：《生物技术通讯》2010年第6期762-766,共5页Letters in Biotechnology

基　　金：国家高技术研究发展计划(2007AA022204);国家自然科学基金(30800644);国家科技重大新药创制专项(2009ZX09501-0272009ZXJ09003-023)

摘　　要：目的:计算识别果蝇中新的非经典剪接位点,以探索未知的剪接机制。方法:基于黑腹果蝇表达序列标签(EST)与其基因组序列比对数据重构基因结构,从中发现非经典的剪接位点,并采用Weblogo软件分析非经典剪接位点上下游序列,以期发现剪接相关的特异性元件。结果:共得到265个非经典的剪接位点,这些剪接位点落在195个蛋白编码基因上。结论:应用生物信息学方法在果蝇中发现了上百个非经典剪接位点,为研究非经典剪接机制奠定了基础。Objective： To analyze and predict non-canonical splice sites in Drosophila melanogaster,and to explore unknown splicing mechanisms.Methods： Based on the alignments between the genome sequences and ESTs,we predicted the gene structure and identified the non-canonical splice sites,and then analyzed the possible motifs in splicing process using Weblogo.Results： A total of 265 non-canonical splice sites were mapped to the fly genome,which fall on 195 protein-coding genes.Conclusion： The research discovered hundreds of non-canonical splice sites and laid the foundation for new mechanism of splicing.

关 键 词：非经典剪接位点 黑腹果蝇 序列比对 模体 剪接机制 

分 类 号：Q811.4[生物学—生物工程]