牛病毒性腹泻病毒基因2型代表株全基因组序列分析  

Genomic sequencing and characterization of bovine viral diarrhea virus genotype 2 isolate XJ-04

作　　者：林燕清[1] 朱礼倩[1] 陶洁[1] 孙宏进[1] 孟祥升[1] 王建业[1] 朱国强[1] 

机构地区：[1]扬州大学兽医学院,江苏扬州225009

出　　处：《中国预防兽医学报》2011年第1期23-27,共5页Chinese Journal of Preventive Veterinary Medicine

基　　金：江苏中美国际科技合作项目(BZ2005032);江苏省农业支撑项目(BE2008363);江苏省属高校自然科学重大基础研究项目(08KJA230002)

摘　　要：为了解我国牛病毒性腹泻(BVD)的分子流行病学情况,本研究对分离的3株牛病毒性腹泻病毒基因2型(BVDV-2)代表株全基因组进行序列分析,应用RT-PCR法分段扩增3株BVDV-2(XJ-04、SD-09和QH-09)的全基因组序列,共分为18个片段:A～Q以及5'-UTR和3'-UTR的部分序列。除5'-UTR和3'-UTR部分序列外,A～Q基因片段末端相互重叠。经序列拼接获得3株全基因组序列,全长均为12 284 bp。将测序结果与GenBank登录的瘟病毒科代表毒株序列、自我裂解酶(Npro)、结构蛋白(C、Erns、E1、E2)以及标准株BVDV-1 NADL和BVDV-2 890进行核苷酸以及氨基酸序列同源性分析。结果表明:XJ-04、SD-09和QH-09的全基因组序列同源性高于99.6%,3株BVDV-2分离株与890和NewYork93株亲缘关系最近,属于BVDV-2a亚型。在致细胞病变型的XJ-04、SD-09、QH-09株的NS2/3基因上无外源基因的插入。本研究分离的BVDV-2株为国内首次鉴定国内分离株全基因组序列,为我国BVD的分子流行病调查提供依据。The complete genome sequence of bovine viral diarrhea virus genotype 2 （BVDV-2） of XJ-04 isolate was constructed by ligation of 17 overlapping PCR fragments and the 5＇ UTR and 3＇ UTR sequences. The sequence data was registered and denoted in GenBank with accession number FJ527854. The genome was 12,284 nucleotide long and contained short 5＇ UTR, 3＇ NCR, and one ORF encoding a large polyprotein of 3,895 amino acids with 20 potential N-glycosylation sites. The phy]ogram constructed with entire genome sequences and 5＇ UTR regions revealed that the isolate belonged to BVDV-2a subtype. Based on the autoprotease （N^pro） gene and structural genes （C, E^ms, E1 and E2）, this classification was supported by the utmost similarity of XJ-04 to BVDV-2 reference strain 890 at both nucleotide and amino acid level. Furthermore, the isolate XJ-04 did not contain any genomic insertions related to the cytopathic phenotype.

关 键 词：BVDV-2 XJ-04株 基因组测序 系统进化分析 

分 类 号：S852.65[农业科学—基础兽医学]