基于微扰突变的蛋白质侧链安装的遗传算法  

Combination of Disturbing Mutation Method with Genetic Algorithm in Upbuilding Side Chains of Proteins

作　　者：刘志杰[1] 李维忠[1] 韩玉真[1] 来鲁华[1] 

机构地区：[1]北京大学物理化学研究所,北京100871

出　　处：《计算机与应用化学》1999年第5期349-350,共2页Computers and Applied Chemistry

基　　金：国家高科技发展计划资助

摘　　要：在侧链转子库的基础上， 我们提出了用于蛋白质侧链安装的微扰突变的遗传算法。它在常规单点突变的同时又采用了微扰突变的方法， 因而同时具有传统遗传算法和理论搜索模拟方法的特点。我们分别用均方根偏差能量函数和真实的能量函灵敏计算了单个蛋白质和蛋白与蛋白复合物结合区域的侧链构象。结果表明该方法优于传统的遗传算法， 能精确地重建蛋白质侧链的构象。Based on the rotamer library, we proposed a method called Disturbing Genetic Algorithm (DGA),which combined disturbing mutation with Genetic Algorithm (GA). The method has characters of general GA and searching modeling methods. Using the RMSD function and real energy function, we upbuilt side chains of proteins and the interface residues of protein complexes. The result shows that DGA is obviously superior to GA and can reproduce the conformations of protein side chain successfully.

关 键 词：蛋白质 侧链安装 构象 序列 设计 侧链转子库 

分 类 号：Q510.3[生物学—生物化学]