NS5B区核酸序列测定的丙型肝炎病毒基因分型研究  

The investigation fo HCV genotype using nucleic acid sequence analysis of NS5B region

作　　者：李峥[1] 高玉红[1] 张桂前[1] 毕胜[1] 杨曦[1] 夏雪山[2] 冯悦[2] 何丽华[2] 

机构地区：[1]昆明医学院附属昆华医院,云南昆明650032 [2]昆明理工大学生命科学和技术学院,云南昆明650000

出　　处：《国际检验医学杂志》2011年第5期550-552,共3页International Journal of Laboratory Medicine

基　　金：云南省自然科学基金面上项目资助(2009CD194)

摘　　要：目的了解昆明市丙型肝炎感染者HCV基因型分布特征。方法用RT-PCR法扩增40例HCVRNA阳性的患者血清样本丙型肝炎病毒NS5B区段,PCR产物纯化后进行测序分析,测序结果与参考序列共同构建系统进化树,得到丙型肝炎病毒基因型和基因亚型。结果丙型肝炎病毒NS5B区段基因序列的系统进化树分析能对丙型肝炎病毒感染者样本进行很好的分型;分型结果显示,昆明地区丙型肝炎病毒主要的基因型是3b型占45.0%,其次2a型占22.5%,1b型占20.0%,3a型占7.5%,6n型及6a型各占2.5%。结论构建丙型肝炎病毒NS5B区系统进化树分析能得到准确的HCV基因型和亚型;昆明地区的丙型肝炎病毒基因型以3型为主,其次2a、1b型,同时发现6型;昆明丙型肝炎感染者中HCV基因型分布更接近于中国香港和东南亚国家的丙型肝炎病毒基因分布。Objective To explore the hepatitis C virus （HCV） genotype distribution in Kunming. Methods By using RT nested PCR,the NS5B region of HCV of forty patients was amplified. The PCR products were purified and analyzed by sequencing. The sequences were compared with the Genebank sequences to construct the HCV NS5B phylogenetic tree and to obtain the identified HCV NS5B genotype. Results The genotypes of all samples can be matched by using HCV NS5B phylogenetic tree. The major HCV NS5B genotype in Kunming are 3b （45.0%）,2a （22.5%）,1b （20.0%）,3a （7.5%）,6n （2.5%） and 6a （2.5%）. Conclusion The accurate HCV NS5B genotype and subgenotype can be obtained by establishing the phylogenetic tree of HCV NSSB region. The main HCV NSSB genotypes in Kunming are 3b,2a and lb. We also found HCV 6 at the same time. The distribution of HCV genotype in Kunming is closer to those in Southeast Asian countries.

关 键 词：HCV 基因型 系统进化树 

分 类 号：R512.63[医药卫生—内科学]