用多项式分布模型评估低质量DNA模板微卫星分型的可靠性  

作　　者：何刚[1] 黄康[1] 郭松涛[1] 纪维红 齐晓光[1] 任轶[3] 金学林 李保国[1,3] 

机构地区：[1]西北大学西部生物资源与生物技术教育部重点实验室,生命科学学院,西安710069 [2]Ecology & Conservation Group, Institute for Natural Sciences, Massey University, Auckland 904, New Zealand [3]陕西省动物研究所,西安710032 [4]陕西省珍稀野生动物抢救饲养研究中心,西安710402

出　　处：《科学通报》2011年第22期1763-1770,1855,共8页Chinese Science Bulletin

基　　金：国家自然科学基金(30970379,30970444,30970168);陕西省自然科学基金(2009JQ3001);陕西省教育厅科学研究基金(09JK748);教育部西部资源生物技术重点实验室开放基金资助

摘　　要：在使用痕量样品(如博物馆样品、古代样品、法医样品以及非损伤性样品)的分子遗传学研究中,由于DNA质量很低,容易导致扩增错误的产生,包括等位基因丢失和假等位基因.本文建立了1个区别对待纯合子和杂合子的多项式分布数学模型,使用2个参数衡量样品的质量,在此基础上计算多管分型法的分型结果正确率.为了检验此模型,本研究从26只秦岭地区川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)个体采集非损伤性毛发样品,使用5个四核苷酸重复的微卫星位点进行扩增.根据此模型,实验获得3次阳性PCR结果时,分型结果正确率能够到达99%.对于样品质量很低、需要过多重复实验的样品,本文还推荐了1种替代的分步分型方法,能够进一步减少重复次数.本模型有助于优化实验条件,得到可靠的分型结果.

关 键 词：川金丝猴 非损伤性采样 微卫星 分型错误 多项式分布模型 

分 类 号：Q523[生物学—生物化学]