基于支持向量机(SVMs)的人类核心启动子的识别  

作　　者：徐文韬[1] 叶子弘[1] 俞晓平[1] 

机构地区：[1]中国计量学院生命科学学院,浙江杭州310018

出　　处：《安徽农学通报》2006年第13期64-66,76,共4页Anhui Agricultural Science Bulletin

基　　金：浙江省教育厅项目(No.20060522);中国计量学院自然科学基金项目(No.0100802-0040);中国计量学院第十届学生科研计划项目

摘　　要：本文采用基于支持向量机(SVM s)的方法预测了4类含有核心启动子元件的启动子和含有CCAAT-box的启动子。4类核心启动子元件分别是DPE,BRE,TATA-box和Inr。特征提取采用基于位点权重矩阵(PWM s)的程序Promoter C lassifier进行。本文预测结果的敏感度,确定度,以及相关系数均高于三种启动子预测方法(PromoterInspec-tor(PI),Promoter 2.0 Pred iction(PP)和Neural Network Promoter Pred iction(NNPP),使敏感度和确定度同时高于0.84,其中TATA-box预测结果可使敏感度和确定度同时高于0.95。

关 键 词：人类核心启动子 支持向量机(SVMs) 位点权重矩阵(PWMs) 预测 识别 

分 类 号：Q75[生物学—分子生物学]