过氧化物酶体增殖物激活受体-γ激动剂诱导契合机制的分子动力学研究  

Molecular dynamics of agonist induced fit mechanism in perosixome proliferator-activated receptor-γ

作　　者：梁静[1] 刘梦源[1] 程先超[1] 董卫莉[1] 徐为人[2] 王润玲[1] 

机构地区：[1]天津医科大学药学院天津市临床药物关键技术重点实验室,天津300070 [2]天津药物研究院天津市新药设计与发现重点实验室,天津300193

出　　处：《天津医科大学学报》2011年第4期437-439,F0003,共4页Journal of Tianjin Medical University

基　　金：国家自然科学基金资助项目(20972112);教育部博士点基金资助项目(20091202110010);天津市自然科学基金重点资助项目(09JCZDJC21600)

摘　　要：目的:研究激动剂能够使过氧化物酶体增殖物激活受体-γ(PPAR-γ)的α螺旋结构更稳定的原因以及PPAR-γ可能的活化机制。方法:利用分子动力学模拟的方法研究激动剂对PPAR-γ的α螺旋的诱导契合效应。结果:激动剂的存在能够增加PPAR-γ中α螺旋H2’、H3和H12(AF-2)的骨架氢键概率。结论:激动剂能够使PPAR-γ的α螺旋H2’、H3及H12(AF-2)结构更稳定,同时也影响α螺旋之间氢键的形成与断裂,而且残基侧链二面角的分布也同样能佐证上述观点。Objective： To explore the reason why agonist can stabilize the α helix of PPAR-γ and the possible activation mechanisms of PPAR-γ. Methods： Molecular dynamics simulation methods were used to investigate the induced-fit effects of agonist to the α helix of PPAR-γ Results： The agonist increased the probability of backbone hydrogen bond in H2＇, H3, and H12 （AF-2） of PPAR-γ Conclusion： The agonist can help to stabilize H2＇, H3 and H12 （AF-2）, and influence the formation and breakage of some inter-helix hydrogen bonds. The distributions of side-chain dihedral angle also confirm the above findings.

关 键 词：过氧化物酶体增殖物激活受体-Γ 激动剂 分子动力学模拟 活化机制 

分 类 号：R91[医药卫生—药学]