基于残基相似性的密码子模型及应用  

Codon Models Based on the Residue Similarity and Their Applications

作　　者：刘慧[1] 刘心声[2] 

机构地区：[1]南京航空航天大学理学院,江苏南京211106 [2]南京航空航天大学高新技术研究院,江苏南京211106

出　　处：《西安文理学院学报（自然科学版）》2012年第2期1-5,共5页Journal of Xi’an University(Natural Science Edition)

基　　金：国家自然科学基金资助项目(NO.10971097)

摘　　要：考虑不同氨基酸间置换率的差异性,构建了两个基于氨基酸相似性的密码子模型.利用连续时间的马尔可夫过程和最大似然法,将新模型应用到三个真实的数据集.通过数值实验分析结果显示,新模型比现有模型对数据集有更好的适用性,且能给出更可靠的参数估计值.To address the heterogeneity of amino acids＇ displacement ratio,we develop two new codon models based on the similarity of amino acids.The new models were applied to three real datasets by a continuous-time Markov process and the maximum likelihood method.The analytic results show that,compared with the current codon model,the new similarity-based codon models are of a better adaptability to the dataset and can produce more reliable estimated values of parameters.

关 键 词：密码子模型 相似性得分矩阵 最大似然法 正选择 

分 类 号：O211.9[理学—概率论与数理统计] O213[理学—数学]