基于遗传模拟退火算法的DNA多序列比对研究  

The DNA Multiple Sequence Alignment based on Simulated Annealing Genetic Algorithm

作　　者：陈金灿[1] 向来生[1] 刘希玉[1] 吴海龙[1] 

机构地区：[1]山东师范大学管理科学与工程学院,250014

出　　处：《信息技术与信息化》2012年第2期47-50,共4页Information Technology and Informatization

基　　金：国家自然科学基金(61170038;60873058);山东省自然科学基金(ZR2001FM001);山东省软科学重大项目(2010RKMA2005)

摘　　要：针对生物信息学中DNA多序列比对问题,提出了一种基于遗传算法和模拟退火算法相结合的求解算法:在遗传模拟退火算法中,利用模拟退火算法针对遗传算子进行改进来提高算法的效率,由遗传算法进行全局搜索,模拟退火算法用于局部寻优,防止遗传算法的早熟收敛。通过与经典比对算法ClustalX和经典遗传算法进行比对研究,结果表明该算法是有效的。About DNA multiple sequence alignment in bioinformatics, this article presents a solution that combines genetic algorithm and simulated annealing algorithm： Genetic Simulated Annealing Algorithm. In ge- netic simulated annealing algorithm, genetic algorithm searches in the whole space; simulated annealing algorithm is in charge of searching in local space, which avoids the premature phenomenon in genetic algorithm. By comparison research with classic algorithm, it proves this algorithm is effective.

关 键 词：多序列比对 遗传算法 模拟退火算法 

分 类 号：R346[医药卫生—基础医学] TP18[自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]