不同人群的SNPs基因型数据中r^2值对TagSNP数量的影响  

作　　者：张镏琢[1] 秦平[1] 李昂[1] 郑娟娟[1] 孙远洁[1] 袁重胜[2] 刘艳[1] 

机构地区：[1]哈尔滨医科大学卫生统计学教研室,150081 [2]哈尔滨医科大学研究生学院,150081

出　　处：《中国卫生统计》2012年第3期367-368,371,共3页Chinese Journal of Health Statistics

基　　金：国家自然科学基金(30972537;81172741);哈尔滨市科技攻关项目(2008RFQXS086)

摘　　要：目的探索不同人群的单核苷酸多态性(SNPs)数据中,连锁不平衡相关程度(用r2值来表示)对标签SNP(TagSNP)数量的影响。方法依据HapMap2009年Ⅲ期所发布的三个人群的22号染色体的SNPs基因型数据,运用Haploview4.2软件筛选tagSNP,对比北京汉族人群、东京日本人群与来自欧洲北部和西部的犹他州人群的r2值与tagSNP数量的关系。结果三个人群均表现出随着所设定的r2值的增大tagSNP数量呈现出逐渐增多的趋势,但r2值相同时三个人群的tagSNP数量却存在着一定的差异,相对说来北京汉族人群和东京日本人群的结果较为接近。结论运用Haplo-view软件筛选tagSNP的方法有效,但要依据目标人群、研究经费等方面的具体情况设置合理的r2值。

关 键 词：单核苷酸多态性 连锁不平衡 标签SNP r2值 

分 类 号：Q987[生物学—遗传学]