Hsa-miR-1在人食管癌细胞株中的表达及生物信息学分析  

作　　者：蒋森[1,2] 付海龙[1,2] 徐广峰[2] 王秀芳[1,2] 赵亚萍[2] 杜云翔[2] 

机构地区：[1]蚌埠医学院,安徽蚌埠233000 [2]中国人民解放军第82医院

出　　处：《山东医药》2012年第43期32-35,共4页Shandong Medical Journal

基　　金：江苏省淮安市产学研合作促进计划专项资金资助项目(HAC201026)

摘　　要：目的探讨Hsa-miR-1在人类食管癌发病中的作用,并对其生物学特征及功能进行预测分析,从而为后续Has-mir-1功能的研究提供线索。方法通过实时荧光定量PCR法,检测人食管癌细胞株KYSE-150和正常食管上皮细胞株Het-1A中Hsa-miR-1的相对表达水平;应用miRBase获取、分析Hsa-miR-1序列特征并比较其同源性大小;应用HGNC、NCBI mapviewer、UCSC Browser工具分析Hsa-miR-1所在基因组特征;应用TargetScan6.1、PicTar及miRanda预测Hsa-miR-1的靶基因,取三者预测结果交集,并结合已证实的靶基因,进行功能注释(Gene Ontolo-gy)和通路富集分析(Pathway enrichment)。结果 KYSE150中Hsa-miR-1表达显著低于Het-1A细胞;Hsa-miR-1在物种进化上具有很强的保守性,其靶基因显著富集在癌症通路、与癌症发生相关的信号通路以及心肌通路中。结论 Hsa-miR-1可能参与了食管癌的发病机制,其预测靶基因集合富集于多个生物学过程并且显著富集于癌症通路;此为后续Hsa-miR-1生物学功能的研究奠定了基础。

关 键 词：Hsa—miR-1 细胞株 生物信息学 食管肿瘤 食管癌 

分 类 号：R735.1[医药卫生—肿瘤]