致病疟原虫分子功能注释二级数据库的构建  

The Construction of Pathogenic Plasmodium Molecular Functional Annotation Secondary Database

作　　者：许三岗[1] 庄永龙[1] 郝志勇[1] 单广良[1] 杨啸林[1] 王恒[1] 

机构地区：[1]中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院,北京100005

出　　处：《中国生物医学工程学报》2012年第6期882-888,共7页Chinese Journal of Biomedical Engineering

基　　金：科技部国家科技基础条件平台科学数据共享工程重大项目基础医学科学数据中心(2005DKA32402)

摘　　要：为对疟原虫致病分子机制研究过程中产生的高通量实验数据快速高效地进行功能注释,构建致病疟原虫分子功能注释二级数据库。本数据库基于J2EE技术、MySQL和MVC三层体系架构,利用Web Services和Hibernate等技术实现其主要框架,通过调用Fisher's精确检验R程序包对Gene Ontology和Pathway的注释结果进行富集效应分析,并调用Graphviz工具对蛋白质相互作用结果进行图形化描述。致病疟原虫分子功能注释二级数据库提供多入口的分子注释类型,使Gene Ontology、Pathway及蛋白质相互作用注释信息以图形化界面直观显示。该数据库为疟原虫致病分子机制研究提供良好的高通量数据分析工具,可有效促进疟原虫基因功能、信号通路及疟疾疫苗抗原筛选等方面的研究。This research is intended to annotate functions of the molecules from high-throughput experimental data produced in the study of pathogenic plasmodium molecular mechanism.J2EE,MySQL,MVC architecture,Web Services and Hibernate techniques were applied to construct a secondary database（PlasmoFADB）.Fisher＇s exact test was utilized for enrichment analysis of Gene Ontology and Pathway.Graphviz tool was used to provide a graphic description for protein-protein interaction.The PlasmoFADB provides a variety of molecular annotation types and displays the annotation results of Gene Ontology,Pathway and PPI with graphic interface.The establishment of the database is a valuable tool to understand the gene functions,signaling pathway in pathogenic plasmodium and helpful for its malaria vaccine antigen screening.

关 键 词：疟原虫 功能注释 二级数据库 

分 类 号：R318[医药卫生—生物医学工程]