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作品数：303被引量：1020H指数：13
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癌症基因组框内突变功能注释及计算方法比较分析
《电子科技大学学报》2025年第2期311-320,共10页刘清瑞 刘婕 岳振宇 夏俊峰 
国家自然科学基金(U22A2038)。
框内突变是编码区插入缺失突变的一种常见类型,与癌症的发生发展密切相关。然而,计算方法在癌症驱动框内突变预测方面的有效性尚缺乏明确共识。首先,系统地比较和评估了8种计算方法,证实了它们在识别癌症驱动框内突变的适用性及可靠性...
关键词：框内突变 癌症 性能评估 数据库构建 
全基因组关联研究鉴定的2型糖尿病易感位点的功能注释
《中国科技期刊数据库 医药》2025年第2期112-115,共4页熊雪莲 
GWAS发掘了许多关于2型糖尿病的SNPs与基因,但这些SNPs和基因在2型糖尿病发病机制中的作用尚未明确。本文利用生物信 息学方法对2型糖尿病相关SNPs进行功能预测,通过多种在线数据库筛查并汇总与2型糖尿病发生相关的miRNA、转录因子。我...
关键词：2型糖尿病 全基因组关联分析 单核苷酸多态性 非编码RNA 转录因子 
基于PacBio平台的扇穗茅全长转录组测序及热激转录因子家族(HSFs)分析
《草地学报》2025年第2期370-381,共12页曲荣举 刘玉萍 苏旭 富贵 靳佳瑞 杨倩 张朋辉 余明君 孙成林 毛轩睿 
国家自然科学基金项目(32160297,32360305);2023年中央林业草原生态保护恢复资金野生动植物保护项目(QHSY-2023-016);2023年省级财政林业改革发展资金林草新技术推广项目(QSCZ-2023-001)资助。
为了明晰扇穗茅(Littledalea racemosa)的转录组特征和热激转录因子家族(HSFs)的功能与系统位置,本研究基于PacBio平台对扇穗茅全长转录组进行了测序和生物信息学分析。结果表明:测序获得高质量的Unigenes 62016条,平均长度为2752 bp,N5...
关键词：扇穗茅 全长转录组 功能注释 转录因子 HSFs 
保山猪PCSK4的转录调控网络构建及生物信息学分析
《云南农业大学学报(自然科学版)》2025年第1期70-78,共9页曹勇杰 常勇诚 兰运茂 吴玲想 孟昕彤 赵桂英 
云南省科技厅重大科技专项(202302AE090016);云南省财政厅科教文化专项(A3032022211)。
【目的】分析保山猪蛋白转化酶枯草素/酮蛋白4型(proprotein convertase subtilisin/kexin type 4,PCSK4)的分子特征、转录表达调控和蛋白功能。【方法】基于保山猪睾丸全转录组数据,通过生物信息学方法对PCSK4进行功能注释,并构建PCSK...
关键词：保山猪 PCSK4 生物信息学分析 蛋白互作 功能注释 
家蚕小茧突变体sc生长发育相关通路差异表达基因转录分析
《昆虫学报》2025年第1期1-13,共13页吴赛 王闪闪 赵巧玲 朱娟 王梅仙 唐顺明 沈兴家 
国家自然科学基金项目(32072791);江苏省研究生科研创新项目(KYCX23_3916)。
【目的】航天蚕Bombyx mori后代小茧突变体sc的幼虫发育缓慢,食桑量少,推测其生长发育相关通路基因受到基因突变的影响。前期研究表明,sc突变受一对位于家蚕第3连锁群的隐性基因控制,但其控制基因并未被鉴定。本研究拟通过比较分析sc与...
关键词：家蚕 航天蚕 小茧突变体 转录组测序 差异表达基因 功能注释 
基于福建柏转录组数据的WRKY转录因子的鉴定和分析
《分子植物育种》2025年第1期92-98,共7页杨靖 周成城 徐艳萍 荣俊冬 郑郁善 陈礼光 
福建省林业局种苗科技攻关六期项目(KF2015085)资助。
本研究基于福建柏叶根茎的转录组数据并筛选鉴定福建柏的WRKY转录因子,以期挖掘出参与福建柏生长发育及抗逆反应的WRKY转录因子,为日后利用遗传改良手段调控福建柏生长发育及抗逆反应调节提供理论基础。结果表明,共鉴定出WRKY的数量为61...
关键词：福建柏 WRKY 功能注释 抗逆反应 
青海草地早熟禾全长转录组测序及功能分析
《高原科学研究》2024年第4期43-54,共12页慕星宇 刘颖 乔志梅 赵洪奎 鲍根生 
国家自然科学基金项目(U21A20241);青海省科技特派员专项项目(2024-NK-P65)。
青海草地早熟禾(Poa pratensis L.cv.Qinghai)是一种优质的多年生冷季生态草,被广泛应用于生态修复、城市绿化等领域。该研究利用PacBio Iso-Seq测序技术,对青海草地早熟禾进行了全长转录组测序,并对其进行了结构分析和功能注释。研究...
关键词：青海草地早熟禾 全长转录组 三代测序 功能注释 
上海市松江区白纹伊蚊共生微生物宏基因组分析
《热带病与寄生虫学》2024年第6期334-338,381,共6页叶独秋 张驰 庞博文 吴佳玲 蒋露芳 吕锡宏 
上海市公共卫生体系建设三年行动计划(2023—2025年)重点学科建设(GWVI-11.1-01)
目的 研究上海市松江区野外环境中白纹伊蚊共生微生物群物种组成和功能的多样性,了解白纹伊蚊传播疾病的现况,为白纹伊蚊生物防制提供新思路。方法 2023年7—9月,在上海市松江区广富林郊野公园、佘山国家森林公园、辰山等3个野外环境采...
关键词：白纹伊蚊 共生微生物群 宏基因组学 数据库 功能注释 
岩黄连全长转录组测序及生物信息学分析
《种子》2024年第12期27-33,39,共8页陈华园 庞伟灿 李翠 刘世男 
广西重点研发计划项目(桂科AB21238014);广西自然科学基金面上项目(2023GXNSFAA026509);广西中医药管理局广西特色药材关键技术研究推广项目(GZKJ2314)。
为获得岩黄连全长转录组数据,本研究以6月龄岩黄连实生苗为材料,利用PacBio平台和SMRT技术进行全长转录组测序,共获得14 183个去冗余的高质量转录本,通过NT、NR、BLASTX、BLASTP、eggNOG和GO等数据库比对,100%转录本被成功注释。NR注释...
关键词：岩黄连 全长转录组 功能注释 
卵泡刺激素对人卵巢颗粒KGN细胞TGF-β信号传导的影响
《药学前沿》2024年第12期663-670,共8页张铭露 温苗 杨泽岸 于思思 张媛 吴彦霖 
目的利用抗体芯片技术考察卵泡刺激素(FSH)在不同时间上对卵巢颗粒细胞(KGN)转化生长因子β(TGF-β)信号通路的影响。方法FSH分别刺激KGN细胞3、6、12、24、48、72 h后收集细胞,进行不同时间点的蛋白磷酸化水平差异含量考察,对蛋白磷酸...
关键词：卵泡刺激素 转化生长因子β信号通路 人卵巢颗粒细胞 基因芯片 丝裂原活化蛋白激酶通路 GO功能注释 KEGG信号通路富集分析 SMAD蛋白 
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