U251和U87细胞的Ezrin蛋白生物信息学分析  

作　　者：刘乃杰[1] 梁华新[1] 秦治刚[1] 孙利波[1] 房晓萱[1] 赵丛海[1] 朱庆三[2] 

机构地区：[1]吉林大学中日联谊医院,吉林长春130033 [2]吉林大学第一医院

出　　处：《中国老年学杂志》2013年第7期1598-1600,共3页Chinese Journal of Gerontology

摘　　要：目的应用生物信息学方法分析Ezrin蛋白的功能、结构域,探讨胶质瘤细胞U251和U87浸润性生长的机制。方法 Transwell检测U251和U87细胞的迁移侵袭能力。RT-PCR钓取U251和U87细胞Ezrin基因,TA克隆后测序。应用Basic Local Alignment Search Tool(nucleotideblast及blastx)分析Ezrin基因与GenBank登录的Ezrin的相似性及氨基酸变异,EBI>Tools>Protein,SWISS-MODEL,SWISS-PDB Viewer分析Ezrin蛋白功能、结构域并建模观察其空间结构及变异氨基酸的位置。结果 Transwell检测结果显示穿过膜底面的U87细胞为(35.5±6.89)个,明显高于U251细胞〔(13.3±3.01)个〕(P<0.001)。RT-PCR扩增产物为1 700 bp,与Ezrin基因的大小相符,TA克隆后XhoⅠ和EcoRⅠ双酶切选取阳性质粒测序。分析显示,U251和U87细胞Ezrin基因序列与GenBank登陆序列的相似性为99%,U251细胞Ezrin基因序列中有一个位点突变,U87细胞有5个位点;U251细胞Ezrin蛋白第407位氨基酸变异,U87细胞Ezrin蛋白第66、258、265和577位变异。EBI>Tools>Protein在线分析Ezrin蛋白功能,与U251细胞Ezrin匹配的蛋白有362个,与U87细胞Ezrin匹配的蛋白却有1 503个;Ezrin的结构分析显示,蛋白质结构数据库PDB中U87细胞Ezrin的数量多于U251细胞,而蛋白质结构等级分类显示的结构域的结构分级和分层分级相同;U87细胞Ezrin的结构域有45个,而U251细胞的Ezrin只有5个。SWISS-MODEL分析,U87细胞Ezrin的3D空间结构有8处与U251细胞的不同,QMEAN4评分U87细胞Ezrin低于U251细胞。SWISS-PDB Viewer显示U87细胞Ezrin第258、265位氨基酸相对位于空间结构的内侧。结论胶质瘤细胞U87的迁移浸润能力强于U251。U87细胞和U251细胞Ezrin基因序列与GenBank登录的相似性达99%,U87细胞Ezrin氨基酸变异多于U251细胞,导致其功能、结构域及空间结构不同。Ezrin蛋白影响U87、U251细胞的迁移和浸润。

关 键 词：生物信息学 EZRIN 胶质瘤细胞系 浸润性 

分 类 号：R73[医药卫生—肿瘤]