肺鳞癌全基因组lncRNAs表达研究  

Genome-scale lncRNAs Expressions Pattern in Lung Squamous Carcinoma

作　　者：王瑛[1] 尹继业[1] 李湘平[1] 陈娟[1] 钱晨月[1] 郑艺[1] 刘昭前[1] 

机构地区：[1]中南大学临床药理研究所,遗传药理学湖南省重点实验室,湖南长沙410078

出　　处：《肿瘤药学》2013年第4期319-320,共2页Anti-Tumor Pharmacy

摘　　要：肺癌是世界范围内癌症死亡的主要原因,而肺鳞癌是肺癌中最常见的组织病理类型,约占原发性肺癌的40～50%。临床和分子机制研究表明肺鳞癌是多因素复杂疾病。长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是长度大于200nt的非编码RNA的统称。最初的研究认为它是转录组的"噪音",但近十年来的生命科学研究发现,它们参与了多项生物调控过程。有研究表明lncRNAs在许多癌症类型中均异常表达。本研究通过全基因组lncRNAs表达研究探索lncRNAs是否有可能与肺鳞癌的形成相关。我们从中南大学湘雅医院收集了16例肺鳞癌手术病人的肺癌及癌旁组织并保存于液氮中,采用Trizol法提取组织总RNA,反转录成cDNA,体外转录合成cRNA,使用RNA纯化柱纯化cRNA,以cRNA为模板,用随机引物进行反转录,荧光标记反转录产物,最后进行Agilent human4×180K芯片杂交。使用Agilent Feature Extraction(v10.7)软件对杂交图片进行分析并提取数据,然后用Agilent GeneSpring软件对数据进行归一化和差异分析,使用R语言对归一化后的表达数据进行统计分析。此芯片中设计了总共38361个lncRNAs探针,我们的数据结果显示,肺鳞癌组织组与正常肺组织组比较,有28055个lncRNAs探针的表达有一定水平的改变,其中3460个显著差异表达(倍数变化绝对值≥2),而我们对所有样本对统计发现,127个在所有肺鳞癌组织中与配对正常组织相比,其表达有显著差异。在这3460个lncRNAs中,1559个lncRNAs表达下调,1901个lncRNAs表达上调,绝大部分lncRNAs的功能未知,因此我们试图通过构建共表达网络预测lncRNAs的功能。我们以相关系数0.99和P<0.05为基础,构建了lncRNAs和mRNAs的共表达网络,并在此基础上从两个方面对lncRNAs可能的靶基因进行预测,分别是顺式距离在10Kb内的lncRNA-mRNA对和与mRNA的3'UTR的序列比对相似的lncRNA-mRNA对,共得到33个lncRNA-mRNA对。对这33个mRNA进行分析发�Lung cancer is the leading cause of cancer death worldwide, and squamous carcinoma is the most common histological subtype. Clinical and molecular evidence indicated that lung squamous carcinoma is heterogeneous disease. Long non-coding RNAs （lncRNAs） were noncoding RNAs with more than 200 nucleotide length. They have been found to be involved in a variety of biological processes. Many studies indicated that they were aberranfly expressed in some types of carcinomas. In this study, we tested the hypothesis that some lncRNAs may correlate with lung cancer tumor genesis by detecting genome-scale lncRNAs expressions. 16 lung squamous cell carci- noma patients＇ paired normal and lung tumor tissues were obtained after surgery. First, extracted total RNA from frozen tissues by Trizol reagent; next, reverse-transcripted the total RNA to cDNA,

关 键 词：肺鳞癌 全基因组 原发性肺癌 组织病理类型 世界范围 复杂疾病 分子机制 

分 类 号：R734.2[医药卫生—肿瘤]