常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰  

A bird's eye view of the algorithms and software packages for reconstructing phylogenetic trees

作　　者：张丽娜[1] 荣昌鹤 何远[1] 关琼[3] 何彬[3] 朱兴文[1] 刘佳妮[3] 陈红菊[4,3] 

机构地区：[1]大理学院数学与计算机学院,云南大理671003 [2]云南林业职业技术学院,云南昆明650224 [3]中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室,计算生物学与医学生态学研究组,云南昆明650223 [4]红河学院,云南蒙自661100

出　　处：《Zoological Research》2013年第6期640-650,共11页动物学研究（英文）

基　　金：遗传资源与进化国家重点实验室"开放课题"(项目名称:利用生存分析改进系统发育树和溯祖树构建的准确性和可靠性;项目编号:GREKF11-11)

摘　　要：系统发育树又称进化树、生命树等,在达尔文的"进化论"一书中首次出现,之后系统发育树的重构被广大生物学家所接受。该文阐述了构建系统发育树的基本流程,对目前用于构建系统发育树的四类算法(距离法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法)进行了详细地分析和比较,并介绍了一些常用系统发育树构建和分析软件(PHYLIP、MEGA、MrBayes)的特点。The prototype phylogenetic tree, i.e., evolutionary ＂tree＂ or ＂tree of life＂, was first conceived by Charles Darwin in his seminal book ＂The Origin of Species＂, and its reconstructions have been approached by generations of biologists ever since. In this article, we briefly reviewed the major algorithms and software packages for reconstructing phylogenetic trees. Specifically we discuss four categories of phylogeny algorithms including distance-matrix, maximum parsimony, maximum likelihood, and Bayesian framework, as well as software packages （PHYLIP, MEGA, MrBayes） based on them.

关 键 词：系统发育树 距离矩阵法 最大简约法 最大似然法 贝叶斯算法 系统发育分析软件 

分 类 号：TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构] Q11[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]