最大简约法

作品数：22被引量：109H指数：5
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基于后缀法与遗传退火算法的简约树构建
《长春工业大学学报》2021年第3期274-278,共5页刘清雪 王亮 
吉林省教育厅“十三五”科学技术项目(JJKH20201232KJ);吉林建筑科技学院重点项目(校科字[2018]004号)。
利用二进制树通过后缀法编码将N个物种的系统发生树与后缀法编码进行一一对应,并在遗传算子的设计中引入退火算子,通过遗传算法与退火算法相组合寻找全局最优解。计算结果表明,改进算法在简化树存贮的同时,还提高了运行速度。
关键词：系统发生树 最大简约法 遗传算法 后缀法编码 
灵芝的分子生物学鉴定被引量：2
《生物技术》2018年第6期554-559,591,共7页杨涛 刘宇 周均亮 赵爽 李华敏 宋爽 荣成博 
北京市农林科学院科技创新能力建设专项(No.KJCX20170106);北京市农林科学院所级科技创新团队建设(No.JNKST201614)
[目的]明确33株命名混乱灵芝的分类学地位。[方法]通过分子生物学手段,用引物内转录间隔区(ITS)、核糖体大亚基(nLSU)、翻译延长因子(EF-1)和RNA聚合酶第二大亚基(RPB2)分别对样本DNA进行PCR扩增,电泳检测后测序。然后将样本序列与GenB...
关键词：灵芝 分子生物学 最大似然法 最大简约法 贝叶斯法 系统发育树 
基于线粒体全基因组的五华三黄鸡系统发育分析被引量：4
《嘉应学院学报》2015年第8期70-75,共6页黄勋和 陈洁波 李婷 李威娜 罗海祥 陈换南 钟福生 
广东省自然科学基金项目(2014A030307018);嘉应学院"创新强校工程"项目(CQX019);广东省级现代农业产业发展建设专项(粤财农[2014]458号);国家星火计划项目(2013GA780066)
从GenBank下载72条原鸡属线粒体全基因序列,分别利用线粒体D-loop、13个蛋白质编码基因及其氨基酸序列构建系统发育树,揭示五华三黄鸡的分子进化.结果显示,基于D-loop的邻接树、蛋白质编码基因及其氨基酸的最大简约树的拓扑结构高度一致...
关键词：五华三黄鸡 系统发生 线粒体全基因组 最大简约法 原鸡属 
基于PRUFER编码的遗传算法在简约树构建中的应用
《电子技术与软件工程》2015年第19期186-186,共1页刘清雪 胡伟 李恒 刘晓峰 
项目编号:2014271240
本文提出的基于Prufer编码的遗传算法,首先将给定的N个物种的系统发生树进行编码,得到与系统发生树一一对应的Prufer编码,其次设计了遗传操作算子,从而通过遗传操作来寻找最优解。计算结果表明,Prufer编码简化了树的存贮,使改进算法的...
关键词：系统发生树 最大简约法 遗传算法 Prufer编码 
第24届国际生物学奥林匹克竞赛试题 实验4·生物系统学被引量：1
《生物学通报》2015年第9期57-62,共6页张雁云 范六民 佟向军 许崇任 
总分：100分 时间：90min 本测试包括3个任务。 任务1：确定存在或缺失的特征（42分） 1．1描述形态特征 1．2确定所有特征（42分） 任务2：确定系统发生的关系（24分） 2．1何为最大简约法 2．2用最大简约法解决系统发生的关系...
关键词：生物系统学 竞赛试题 奥林匹克 生物学 最大简约法 形态特征 实验 国际 
常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰被引量：38
《Zoological Research》2013年第6期640-650,共11页张丽娜 荣昌鹤 何远 关琼 何彬 朱兴文 刘佳妮 陈红菊 
遗传资源与进化国家重点实验室"开放课题"(项目名称:利用生存分析改进系统发育树和溯祖树构建的准确性和可靠性;项目编号:GREKF11-11)
系统发育树又称进化树、生命树等,在达尔文的"进化论"一书中首次出现,之后系统发育树的重构被广大生物学家所接受。该文阐述了构建系统发育树的基本流程,对目前用于构建系统发育树的四类算法(距离法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法...
关键词：系统发育树 距离矩阵法 最大简约法 最大似然法 贝叶斯算法 系统发育分析软件 
系统发育分析中的最大简约法及其优化被引量：2
《昆虫学报》2013年第10期1217-1228,共12页郑巍 罗阿蓉 史卫峰 郑为民 朱朝东 
中国科学院知识创新工程重要方向项目(KSCX2-EW-B-02/03);国家基础科学人才培养基金项目"特殊学科点"(J0930004;J1210002);国家重大基础研究规划("973"计划)项目(2006CB102003);国家"十一五"科技支撑计划项目(2006BAD08A03)
随着生物技术的不断发展和系统发育学的深入研究,在重构系统发育树时,研究人员往往要面对更多的挑战和困难,比如:(1)需要分析的样本数(物种数或个体数)不断增加;(2)需要分析的数据量迅速扩大。尤其在基因组测序技术的推动下,基于分子信...
关键词：系统发育 系统发育重建 算法 最大简约法 计算流程 计算效率 优化 
基于自适应遗传退火的简约树启发搜索策略
《电脑知识与技术（过刊）》2010年第11X期9146-9148,共3页刘清雪 孙宏彬 
国家自然科学基金项目(项目编号:60974055);吉林建筑工程学院城建学院项目;(项目编号:2009111)资助
系统发生树的构建是生物信息学研究的热点之一,也是一个NP完全问题。针对标准遗传算法存在的早熟和收敛速度慢的缺点,提出了一种自适应遗传算法与模拟退火算法相结合的启发示算法来确定最大简约树的拓扑结构。该算法中交叉概率和变异概...
关键词：系统发生树 最大简约法 自适应遗传算法 模拟退火算法 
基于遗传退火算法的最大简约树构建的研究被引量：1
《微型机与应用》2010年第15期74-76,共3页刘清雪 马志强 刘磊 
国家自然科学基金项目(90304010);吉林建筑工程学院城建学院项目(院科字2009111)
针对最大简约法的搜索速度慢等特点,提出了一种遗传算法与模拟退火算法相结合的启发式搜索方法。利用模拟退火算法保障物种的多样性,克服了遗传算法的早熟现象,加快了实验后期的收敛速度。结果表明,该算法的准确性和运算效率都有较大提高。
关键词：种系发生树 最大简约法 遗传算法 模拟退火算法 
分子系统发育分析的生物信息学方法被引量：17
《计算机科学》2010年第8期47-51,66,共6页张树波 赖剑煌 
国家自然科学基金(No.60675016;60633030)资助
物种之间的系统发育分析研究物种的形成或进化历史,以及物种之间的进化关系,它是当代生命科学研究的一个重要分支。分子生物学和计算机科学的发展,为人类采用计算的方法从分子水平研究生物的进化历史以及探索生命的起源提供了新的思路...
关键词：生物信息学 系统发育分析 基因进化 最大简约法 最大似然法 邻接法 
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