稻瘟病病菌线粒体基因密码子使用偏好性分析  

Analysis on codon usage preference of mitochondria genome of Magaporthe orisea

作　　者：徐苏丽[1] 王俊峰[1] 陈士华[1] 

机构地区：[1]河南工业大学生物工程学院,河南郑州450001

出　　处：《河南农业大学学报》2013年第6期722-726,756,共6页Journal of Henan Agricultural University

基　　金：河南省青年骨干教师资助项目(2010GGJS-086)

摘　　要：利用Mobyle,DNAStar,SPSS等软件分析稻瘟病病菌线粒体13个基因密码子的使用模式和形成原因.结果显示,稻瘟病病菌线粒体基因组密码子GC含量较低、偏好性强,偏好使用A/T结尾的密码子,终止密码子偏好使用TAA.通过计算相对同义密码子使用度(RSCU)和密码子适应指数(CAI)确定了CCT,TGA等19个以A/T碱基结尾的最优密码子,并且它们的使用度随基因的表达水平升高而增加.中性绘图分析结果表明,密码子使用模式主要受选择作用的影响.The analysis with Mobyle, DNAStar, SPSS, etc. of utilization pattern and forming reason of the 13 gene codons of Magaporthe orisea mitochondria reveals that： the GC content of genome eondons of M. orisea mitochondria is low, and it has a strong preference for A/T terminating codons and TAA stop condon. The usage frequency of the 19 A/T terminating optimal codons （CCT, TGA） is determined by calculating RSCU and CAI ascends as the gene expression level increases. Additionally, neutral mapping indicates that the utilization pattern of condon is affected by selection.

关 键 词：稻瘟病 线粒体 密码子偏好性 最优密码子 

分 类 号：Q81[生物学—生物工程]