密码子偏好性

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小果油茶与越南油茶中叶绿体基因组密码子偏好性
《北京林业大学学报》2025年第4期37-49,共13页张菲菲 朱艳 韩长志 
云南省研究生导师团队建设项目(2022100);云南省“兴滇英才支持计划”青年人才专项(YNWR-QNBJ-2020-188)。
【目的】研究小果油茶和越南油茶中叶绿体基因组密码子的使用模式,分析并揭示两个物种密码子使用偏好性产生的原因,明确两个物种叶绿体基因组中的最优密码子,为油茶基因组研究和良种培育提供理论依据。【方法】运用Codon W 1.4.2和在线...
关键词：小果油茶 越南油茶 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 
姜黄基因组密码子偏好性分析
《特产研究》2025年第2期66-72,80,共8页杨杰 唐国梁 欧阳仁泽 赵佳伟 刘珊珊 刘俊林 张丽娟 
中央高校基本科研业务费项目(31920210055);西北民族大学引进人才项目(xbmuyjrc202222、xbmuyjrc202223)。
为探究姜黄(CurcumalongaL.)基因组密码子的偏好性使用模式,本研究通过CodonW1.4.4和Python程序对NCBI中下载的姜黄基因组68447条编码序列进行分析,利用中性绘图、ENC-plot、PR2-plot进行姜黄密码子偏好性分析,并对姜黄及其他6种生物密...
关键词：姜黄 基因组 密码子偏好性 最优密码子 
黄檗叶绿体基因组密码子偏好性分析
《安徽农学通报》2025年第8期75-78,共4页卢梦月 周梦梦 杨俊 吴振宇 王博文 邹玉 杨洪升 
佳木斯大学大学生创新创业计划训练项目(S202410222085);佳木斯大学国家自然科学基金培育项目(JMSUGP-ZR^(2)023-010)。
为探究黄檗叶绿体基因组中密码子的使用偏好及其主要影响因素,采用该乔木叶绿体基因组编码区序列(CDS)筛选,排除长度小于300bp、含终止密码子及重复序列的片段,最终保留52条有效序列;通过Codon W和CUSP软件计算这些序列的GC含量和有效...
关键词：黄檗 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 
葡萄基因组密码子偏好性分析
《中国农业科技导报(中英文)》2025年第4期78-86,共9页答梁材 刘珊珊 刘俊林 张丽娟 
甘肃省科技计划项目(23JRRA719);西北民族大学引进人才项目(xbmuyjrc202222,xbmuyjrc202223)。
密码子偏好性存在于几乎所有已知物种基因组中。为了解葡萄基因组的密码子使用偏好性并提高基因异源表达效率,以葡萄的全基因组数据作为基础材料,对葡萄编码基因密码子的特性和影响因素进行分析,并与其他表达系统和葡萄亚科植物基因组...
关键词：葡萄 遗传密码 密码子偏好性 自然选择 突变压力 
蓼属叶绿体基因组密码子偏好性分析及比较特征
《中国农业科技导报(中英文)》2025年第4期87-98,共12页刘起麟 李金泽 丁佳渝 王烁理 程子铭 古康圆 冯光燕 
国家重点研发计划项目((2021YFD1200105));四川省饲草育种攻关项目(2021YFYZ0013);2024年大学生创新训练计划项目(202410626020)。
为探究蓼属植物叶绿体基因组的结构、功能和进化特征,利用CodonW、SPSS软件和在线程序Galaxy、Genepioneer生信云、mVISTA、GENE DENOVO等工具,对28种蓼属植物叶绿体基因组的密码子使用偏好性和系统发育关系进行分析。结果表明,28种蓼...
关键词：蓼属 叶绿体基因组 密码子偏好性 比较特征 系统发育 
原鸡DMRT1基因密码子偏好性与进化分析
《中国畜禽种业》2025年第3期31-44,共14页李泽宇 李国辉 靳锴 孙红艳 李碧春 
国家自然科学基金(32272858);科技创新2030-重大项目(2023ZD0407503)。
为了研究原鸡DMRT1基因密码子偏好性及其影响因素以及物种间遗传进化和密码子偏好关系,试验选取了原鸡以及另外15个代表性物种的DMRT1基因作为研究对象,通过Codon W软件和EMBOSS在线网站,系统分析这些基因密码子偏好性相关的7个关键指...
关键词：原鸡 DMRT1基因 密码子偏好性 遗传进化 碱基突变 
小黑麦叶绿体基因组密码子偏好性分析与基因功能相关性分析
《草地学报》2025年第3期707-718,共12页田甜 张银霞 杜文华 
农业生物育种重大专项(2023ZD0402605-02);国家自然科学基金(32260339);甘肃省高等学校产业支撑计划(2022CYZC-49);甘肃省重大专项(21ZD4NA012);西藏重大专项(XZ202101ZD003N)资助。
为揭示小黑麦(Triticale)的密码子使用偏好性及其影响因素,用CodonW 1.4.2和在线软件CUSP(Codon Usage and Synonymous Condon Usage Profile)对小黑麦叶绿体基因组中52个编码序列(Coding sequence,CDS)特征进行分析。结果表明:小黑麦...
关键词：小黑麦 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 
木薯扩展蛋白基因家族密码子使用偏好性分析及影响因素
《江苏农业学报》2025年第3期468-476,共9页刘秦 蔡雨静 李锦兰 耿晓姗 卢恩科 
国家自然科学基金项目(32101691);广西自然科学基金项目(2021GXNSFBA196077);国家级大学生创新创业训练计划项目(202310606031)。
木薯(Manihot esculenta)是全球一种重要的粮食作物。扩展蛋白在植物生长发育中起关键作用,具有改良作物性状的潜力。本研究利用CodonW、R语言等软件对木薯基因组中的42个扩展蛋白基因进行密码子使用偏好(CUB)的系统分析。结果显示,木...
关键词：木薯 扩展蛋白基因 密码子偏好性 最优密码子 
宽叶十万错叶绿体基因组比较分析和系统进化关系研究
《中草药》2025年第5期1731-1746,共16页赵艳林 陈渊 沈晓婷 安昌 王振华 黄泽豪 黄鸣清 林彦翔 郑燕芳 
国家自然科学基金项目(32100168);福建省自然科学基金项目(2021J05061);福建中医药大学基础类学科科研提升计划项目(XJC2023008);福建中医药大学校管课题(X2023025);福建中医药大学高层次人才科研启动资金项目(X2020012-人才)。
目的以药用植物宽叶十万错Asystasia gangetica为研究对象,解析其叶绿体基因组结构特征,探究宽叶十万错在爵床族中的系统发育关系;方法利用Illumina NovaSeq 6000测序平台对宽叶十万错叶绿体基因组进行测序,对其进行组装、注释和特征序...
关键词：宽叶十万错 叶绿体基因组 密码子偏好性 选择压力 序列变异 系统发育 
茶树‘大面白’线粒体基因组结构特征及其密码子偏好性分析
《茶叶科学》2025年第1期61-78,共18页尹明华 张牧彤 徐子林 欧阳茜 王美暄 李文婷 
国家自然科学基金项目(31960079、31860084、32060092);2024年省级大学生创新创业训练计划项目(2024-PX-25)。
茶树‘大面白’(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)是上饶市广信区自主培育的国家级品种,其线粒体基因组结构特征及密码子偏好性尚不清楚。以‘大面白’为试验材料,采用高通量测序技术对其线粒体全基因组进行测序、组装、注释,采用...
关键词：‘大面白’ 线粒体基因组 结构特征 密码子偏好性 
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