基于转录组denovo拼接鉴定辣椒(Capsicum frutescens)中辣椒素生物合成相关基因  

作　　者：Liu Shaoqun Li Wanshun Wu Yimin Chen Changming Lei Jianjun 高凌云[2] 孔秋生[2] 

机构地区：[1]College of Horticulture, South China Agricultural University [2]华中农业大学园艺林学学院

出　　处：《辣椒杂志》2014年第1期42-50,共9页Journal of China Capsicum

摘　　要：辣椒素是由辣椒果实产生的一组化合物,被广泛应用于许多领域,尤其是医药行业。辣椒素生物合成途径还没有被清楚地确定。为了解更多辣椒素生物合成的知识,我们对辣椒(Capsicum frutescens L.)胎座和果皮的混合材料进行了转录组测序。并使用不同的拼接软件对各拼接参数的影响进行了评估,最终获得了转录组数据de novo拼接的最佳策略之一。我们利用Trinity软件得到共54 045条高质量unigenes(转录物)。约92.65%的unigenes与马铃薯、番茄和辣椒(C.annuum)ESTs数据库公共蛋白序列和基因组有相似性。我们预测到了3个新的结构基因(DHAD,TD,PAT),填补了由Mazourek提出的辣椒素分子合成途径中的空缺,并且以KEGG(京东基因与基因组百科全书)分析为基础,鉴定到了参与辣椒素生物合成新的候选基因。大量的SSR(简单重复序列)和SNP(单核苷酸多态性)标记在C.frutescens和C.annuum序列中被预测到,这些标记可在识别辣椒群体多态性方面提供帮助。这些数据将为辣椒素生物合成途径及相关研究提供新的思路。此外,我们的转录组de novo拼接策略也可用于其他大量类似研究中。

关 键 词：辣椒 辣椒素 转录组 DE novo拼接 生物合成 

分 类 号：Q943.2[生物学—植物学]