人类白细胞抗原新等位基因HLA-C＊01：78的序列鉴定  

Sequence analysis of a novel allele HLA-C ＊ 01 ： 78

作　　者：王大明[1] 邹红岩[1] 徐筠娉[1] 甄建新[2] 何柳媚[1] 高素青[1] 

机构地区：[1]广东省深圳市血液中心免疫遗传研究室,518020 [2]南方医科大学

出　　处：《中华医学遗传学杂志》2014年第4期511-514,共4页Chinese Journal of Medical Genetics

摘　　要：目的对1例人类白细胞抗原（human leukocyte antigen，HLA）新等位基因进行序列鉴定。方法采用QIAGEN快速DNA抽提试剂盒从外周血样本中提取基因组DNA，PCR方法扩增先证者HLA_C基因的第1外显子至第3内含子和第3内含子-3’非翻译区，PCR产物克隆转染到质粒载体中获得等位基因的单链，对所得克隆子进行第2、3和4外显子双向测序分析。结果先证者样本克隆测序得到两个等位基因，其中一个等位基因为C＊03：04；另一个经BLAST验证为新的等位基因，序列已递交GenBank（KF049216）。与最接近的C＊01：03等位基因序列相比，新等位基因在第2外显子上有1个核苷酸不同，第316位C〉A，导致第82位氨基酸由精氨酸变为丝氨酸（R82S）。结论该等位基因为HLA-C新等位基因，被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-C＊01：78。先证者的HLA分型结果为A＊02：07，24：02；B＊40：01，46：01；C＊01：78，03：04；DQB1＊05：02，05：02；DRB1＊16：02，16：02。Objective To investigate the genetic basis for a novel allele HLA-C ＊ 01..78. Methods Genomic DNA was extracted from peripheral blood using a QIAGEN quick DNA extraction kit. The regions encompassing HLA-C from exon 1 to intron 3 and intron 3 to 3＇UTR were amplified and cloned using a cloning sequencing kit in order to split the two alleles apart. Selected clones were sequenced to include exons 2 to 4. Results Sequencing results have indicated the HLA-C alleles of the proband to be a novel C ＊ 03：04 allele. The sequence has been submitted to GenBank （KF049216）. BLAST analysis has confirmed the novel allele to have one nucleotide difference as C ＊ 01：03 at genomic nt316C〉A （codon 82CGC〉AGC） in exon 2, which has resulted in replacement of one amino acid （82R〉S）. Conclusion The novel allele has been officially named as C ＊ 01：78 by the WHO Nomenclature Committee. The HLA allele type of the proband was therefore A＊ 02：07, 24：02; B＊ 40：01, 46：01; C＊ 01：78, 03：04; DQB1 ＊ 05：02, 05：02; DRB1 ＊ 16： 02, 16：02.

关 键 词：人类白细胞抗原 新等位基因 克隆 测序 

分 类 号：R394[医药卫生—医学遗传学]