水稻功能基因组育种数据库(RFGB)：3K水稻SNP与InDel子数据库  

Rice functional genomics and breeding database(RFGB):3K-rice SNP and InD el sub-database

作　　者：郑天清[1] 余泓[2] 张洪亮[3] 吴志超[1] 王文生[1] 太帅帅 迟璐[1] 阮珏[5] 韦朝春[6] 石建新[6] 高用明[1] 傅彬英[1] 周永力[1] 赵秀琴[1] 张帆[1] McNally Kenneth L. 李自超[3] 张耕耘 李家洋[2] 张大兵[6] 徐建龙[1,5] 黎志康[1,5] 

机构地区：[1]中国农业科学院作物科学研究所、国家作物基因资源与遗传改良重大科学工程,北京100081 [2]中国科学院遗传与发育生物学研究所,北京100101 [3]北京市作物遗传改良重点实验室、中国农业大学植物遗传育种系,北京100193 [4]深圳华大基因研究院,深圳518083 [5]中国农业科学院深圳农业基因组研究所,深圳518120 [6]上海交通大学生命科学技术学院,上海200240 [7]T.T. Chang Genetic Resources Center, IRRI, Los Banos, Laguna 4031, Philippines

出　　处：《科学通报》2015年第4期367-371,共5页Chinese Science Bulletin

基　　金：国家高技术研究发展计划(2012AA101101,2014AA10A601);引进国际先进农业科学技术计划(2011-G2B);国家国际合作专项(2012DFB32280);比尔盖茨基金(OPP51587,OPPGD1393);深圳市技术研究开发计划(JSGG20121026152117750)资助

摘　　要：水稻是全世界最重要的粮食作物之一.对全球水稻品种资源进行基因组研究,挖掘有利等位基因和指导基于全基因组信息的分子育种具有重大的理论和实践意义,是关系国家乃至全球粮食安全的重大战略问题.本研究通过全球3000份水稻资源(3K水稻)的全基因组重测序,获取了其中质量较好的2859份水稻基因组的单核苷酸多态性(SNP)及小片段插入缺失(In Del)的基因组变异数据,建立了综合性的水稻功能基因组育种数据库的SNP与In Del多态性子数据库.该子数据库包含了3K水稻多态性信息检索、基因组浏览器可视化系统、特定区段基因组数据导出系统等多项功能.本数据库的建立将为研究水稻基因功能、指导水稻全基因组选择育种提供重要平台.Rice is an important food crop worldwide. Genomic research on global germplasm has theoretical and practical significances in the mining of favorable alleles and on genome-based molecular breeding, which are related to Chinese and global food security. Through the 3000 （3K） Rice Genome Project, we collected single nucleotide polymorphism （SNP） and insertion and deletion （InDel） genomic variation data for the 2859 rice genomes, and established a comprehensive SNP and InDel sub-database for the Rice Functional Genomics-based Breeding （RFGB） Database. This sub-database is a global resource containing a polymorphism information retrieval function, a genome browser visualization system and a data export system for specific genomic regions, along with other tools. This study establishes an important platform for rice gene functional research and rice molecular breeding by genomic selection.

关 键 词：3K水稻 单核苷酸多态性 插入缺失 基因组育种 数据库 

分 类 号：S511[农业科学—作物学]