支持向量机方法预测七鳃鳗miRNA前体  

Predicting micro-RNA precursor of lamprey based on a support vector machine

作　　者：张洁[1,2] 李庆伟[1,2] 邹丽[3,4] 

机构地区：[1]辽宁师范大学生命科学学院,大连116081 [2]辽宁师范大学七鳃鳗研究中心,大连116081 [3]辽宁师范大学计算机与信息技术学院,大连116081 [4]南京大学计算机软件新技术国家重点实验室,南京210093

出　　处：《济南大学学报（自然科学版）》2015年第5期333-339,共7页Journal of University of Jinan(Science and Technology)

基　　金：国家重点基础研究发展计划(973)(2013CB835304);国家自然科学基金(61175055)

摘　　要：将七鳃鳗miRNA前体(pre-miRNA)序列的结构特征作为支持向量机工具Lib-SVM的输入向量,经Grid程序优化参数后,开发序列预测程序Lj-miRSVM,通过10倍交叉法验证,平均敏感性和特异性分别为95%和95.9%,准确率为95.8%,接收者操作特征曲线(ROC)下的面积比约为98.9%。用Lj-miRSVM预测其他20个物种的pre-miRNA,平均正确率为78.5%。Using lamprey miRNA as the input vectors of support vector machine tool Lib-SVM,we develop a program Lj-miRSVM for the predication of lamprey precursor miRNA sequence after optimizing parameters with the Grid program. Through the 10-fold cross validation method,we obtain that the average sensitivity,specificity,accuracy are 95%,95. 9%,95. 8%,respectively,and the area ratio under the ROC is 98. 9%. We predict the pre-miRNA of other 20 species using the Lj-miRSVM classifier and obtain 78. 5% average accuracy.

关 键 词：七鳃鳗 支持向量机 miRNA前体预测 ROC曲线 

分 类 号：Q28[生物学—细胞生物学]