恒河猴BST-2基因编码区单核苷酸多态性及其对蛋白结构和功能的影响  

Polymorphisms of coding region in BST-2 gene of Rhesus macaques and their effects on protein structure and function

作　　者：董志会 王卫[1] 丛喆[1] 熊圣文[1] 骆杨[1] 陈霆[1] 魏强[1] 

机构地区：[1]北京协和医学院比较医学中心,中国医学科学院医学实验动物研究所,卫生部人类疾病比较医学重点实验室,国家中医药管理局人类疾病动物模型三级实验室,北京100021

出　　处：《中国比较医学杂志》2015年第7期20-24,共5页Chinese Journal of Comparative Medicine

基　　金：“十二五”传染病重大专项课题(2012ZX10004-501-001;2013ZX10004-608-003)

摘　　要：目的筛查恒河猴BST-2基因编码区单核苷酸多态性(coding-region single nucleotide polymorphism,c SNP),研究其对蛋白结构和功能的影响。方法提取恒河猴外周血RNA,RT-PCR扩增,单克隆测序比对,确定猴BST-2的c SNP位点;通过蛋白质结构分析软件对蛋白结构进行分析;比较不同基因型猴体内SHIVSF162 p 3复制水平的差异。结果序列比对发现8个非同义突变位点;经Psipred软件预测,其中G41A、T128C、C129和A333C c SNP位点可影响BST-2蛋白二级结构。在SHIVSF162 p 3感染平台期,参考基因型猴(DLQ)病毒复制水平要高于GLQ型猴(P<0.05),其他基因型猴之间无显著差异。结论 c SNP(G41A)可能影响BST-2的抗病毒功能,这为后续研究提供参考信息。Objective To explore the impacts of cSNP on the structure and function of rhesus macaque’ s BST-2. Methods Extracting RNA from peripheral blood of rhesus macaques, then RT-PCR , Monoclonal sequencing to find the cSNP sites;Forecasting the structure of these proteins;Comparing the Level of SIVmac239 replication between the different genotypic Rhesus macaques.Results We found 8 non-synonymous mutation sites, in the 8 non-synonymous mutation sites, Only G41A , T128C , C129 and A333C change the secondary protein structure of BST-2 by forecasting of Psipred software;At the plateau of SHIVSF162p3 replication , The SHIVSF162p3 replication level of reference genotype rhesus macaque （ DLQ） is higher than rhesus macaques of GLQ genotype , other genotypes rhesus macaques have no significant difference.Conclusion cSNP （G41A） may influence the antiviral activity of rhesus macaque’s BST-2, this study gives us a reference to further research work.

关 键 词：BST-2 cSNP 蛋白质结构 恒河猴 

分 类 号：R-332[医药卫生]