利用转录组数据鉴定和分析小鼠非编码RNA  

作　　者：赵宇慧[1,2] 刘万飞[1,3] 曾瀞瑶 刘守成[1,2] 谈馨煜 HASAN AwadAljohi 胡松年[1] 

机构地区：[1]中国科学院北京基因组研究所,中国科学院基因组科学与信息重点实验室,北京100101 [2]中国科学院大学,北京100049 [3]Joint Center for Genomics Research (JCGR),King Abdulaziz City for Science and Technology and Chinese Academy of Sciences

出　　处：《中国科学：生命科学》2015年第9期845-859,共15页Scientia Sinica(Vitae)

基　　金：国家自然科学基金(批准号:31271385);中国科学院知识创新工程(批准号:KSCX2-EW-R-01-04)资助项目

摘　　要：基因转录表达是一个复杂、精确并具有时空特异性的过程.目前对转录组的研究主要集中在蛋白编码基因上.近几年,一个新的转录组研究工具—大规模并行c DNA测序技术(RNA-seq)为更深入地研究转录组带来了希望.利用RNA-seq数据,鉴定出大量的非编码RNA,特别是lincRNA,并且发现这些非编码RNA是多个生物学过程中重要的调控因子.利用深度测序获得的15个小鼠组织RNA-seq数据探索非编码RNA在小鼠不同组织中的多样性和动态变化.依据自定的标准,在这15个组织中共鉴定出16249个非编码基因(对应21569个非编码RNA).研究这些非编码RNA的多种特征,可以发现与蛋白编码基因相比,非编码RNA通常比较短,外显子个数少,表达量低,组织特异性强.而且,这些非编码RNA有明显的转录起始和转录延伸信号(H3K4me3,H3K27me3,H3K36me3修饰,RNAPⅡ结合位点以及CAGE)的富集.基因集富集分析结果表明,lincRNA与多个生物学过程相关,如免疫反应、肌肉发育和有性生殖等.本研究提供了更加全面的对小鼠非编码RNA的注释信息,为小鼠非编码RNA的功能和进化研究奠定了基础.

关 键 词：非编码RNA RNA-SEQ 转录组 lincRNA 小鼠 

分 类 号：Q78[生物学—分子生物学]