小鲵科动物Cytb基因密码子偏好性分析  

Codon bias of Cytbgenes in Hynobiidae

作　　者：姜艳[1] 张全星[1] 管德龙[1] 许升全[1] 

机构地区：[1]秦巴山区可持续发展协同创新中心陕西师范大学生命科学学院,陕西西安710119

出　　处：《陕西师范大学学报（自然科学版）》2016年第4期77-82,共6页Journal of Shaanxi Normal University：Natural Science Edition

基　　金：陕西省自然科学基础研究计划(2013JC2-04;2013JC2-05);陕西省科学院重点基金(2012k-01)

摘　　要：利用Mobyle在线工具的CUSP程序以及CodonW、Cluster3.0软件对NCBI数据库中16种小鲵科动物的细胞色素b（Cytochrome b,Cytb）基因密码子偏好性进行了分析,并探讨密码子偏好性对系统发育分析的影响。结果表明：16种小鲵科动物Cytb基因的有效密码子数范围为34.45~47.18,平均值为41.01,该基因有密码子使用偏好。该基因在组成上偏好使用以A或T碱基结尾的密码子。通过计算各物种每个密码子的同义密码子相对使用度值并做密码子和物种的分层聚类发现,在不同属间密码子使用的模式明显不同。基于Cytb基因密码子偏好性的物种聚类结果与基于Cytb基因序列构建的最大似然法和贝叶斯系统发育树结果不完全一致。The codon bias of Hynobiidae Cytochrome b genes among 16 species were analyzed by using the software Mobyle online tool CUSP program,CodonW,and Cluster3.0,and a further discussion on the Codon bias effection on phylogenetic analysis was done.The results showed that the ENC（effective number of codons）of these 16 Hynobiidae Cytb genes range from 34.45to47.18,with average value at 41.01,which shown a preference on codon bias.The nucleotide base composition analysis at each locus showed Hynobiidae Cytochrome b prefers to codes end by A or T bases.The hierarchical clustering of RSCU values and species showed obvious codon usage patterns among genera.The clustering results slightly deviated from the Maximumlikelihood and the Bayes phylogenetic trees.

关 键 词：小鲵科 细胞色素B基因 密码子偏好性 系统发育 

分 类 号：Q953[生物学—动物学]