食管癌易感基因C20orf54的生物信息学分析  

作　　者：黄志刚[1] 洪秋娜 陈婷婷[1] 李戈楠[1] 何臻[1] 伦嘉欣 林婉[1] 赖玉仙 杨威[1] 邓俏莲 

机构地区：[1]广东医学院公共卫生学院东莞市环境医学重点实验室,广东东莞523808

出　　处：《重庆医学》2016年第22期3121-3123,共3页Chongqing medicine

基　　金：东莞市社会科技发展项目(2013108101052);广东省大学生创新创业训练项目(2KY12023)

摘　　要：目的利用生物信息学方法对食管癌易感新基因C20orf54进行特征分析和功能预测,以获得该基因及其编码蛋白更多的功能提示。方法应用Blat、Blast、ProtParam、SOPMA、ScanProsite、SignalP4.1、TMHMM、PSORT和UniGene等软件或数据库,进行染色体定位、序列的相似性比较、理化性质、二级结构、亚细胞定位、功能位点识别。采用逆转录-聚合酶链反应(RTPCR),验证C20orf54基因在食管癌细胞和鼻咽癌细胞中的表达情况。结果 C20orf54基因进化保守,蛋白质不稳定,具有疏水性,定位于细胞膜的可能性最高,序列中预测有蛋白激酶C、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和N-糖基化位点及N-豆蔻酰化位点。二级结构主要是α螺旋和无规则卷曲。C20orf54基因可在食管癌细胞和鼻咽癌细胞中表达。结论人类C20orf54蛋白是定位于细胞膜上的不稳定疏水蛋白,可能在体内参与多种生物学过程,但可能并不是在食管癌组织特异表达的分子标志。

关 键 词：食管肿瘤 生物信息学 C20orf54 

分 类 号：R735.1[医药卫生—肿瘤]