黑麦草EST-SSR分子标记开发及生物信息学分析  

Molecular Marker Development and Bioinformatics Analysis of EST-SSR in Ryegrass

作　　者：王秀华[1] 李家丽[1,2] 蒲艳艳 丛晓翔 林雪婷[1] 于鸿翔[1,2] 赵岩[1,2] 

机构地区：[1]山东农业大学资源与环境学院/土肥资源高效利用国家工程实验室,山东泰安271018 [2]山东农业大学农学院/作物生物学国家重点实验室,山东泰安271018 [3]山东省农作物种质资源中心,山东济南250100

出　　处：《山东农业科学》2016年第10期1-6,共6页Shandong Agricultural Sciences

基　　金：国家大学生创新创业计划项目(201410434051);山东省高等学校科技计划项目(J09LC15);山东农业大学青年创新基金项目;山东农业大学博士后基金项目

摘　　要：为加速分子标记在黑麦草中的应用,利用黑麦草EST数据库(Gen Bank/db EST)开展了黑麦草EST-SSR信息分析、标记开发和EST功能分析研究。在25 752条黑麦草EST序列中,共发现346条SSR序列,占整个EST总数的1.344%。其中,三核苷酸基序最多(39.60%),次之为二核苷酸基序(31.79%)。三核苷酸基序以GGC/CCG出现频率最高,为8.38%,其次是CGC/GCG(7.51%)、GCC/CGG(4.05%)和ATG/TAC(2.02%),二核苷酸基序以CT/GA出现频率最高(14.45%),其次是GA/CT(10.98%)。根据这些含有SSR的EST序列,利用Primer Premier 5.0软件,对346条EST-SSR序列进行引物设计,共设计引物193对,其中分值在90分以上的有113对(32.66%)。利用Gen Bank的Blast N和Blast X程序对相应113条EST进行功能分析,72条EST序列与51种具有生物学功能的蛋白质同源。To accelerate the application of molecular markers in ryegrass（ Lolium perenne L.）,the EST- SSR information analysis,molecular marker exploitation and EST function analysis were studied using ryegrass EST data（ Gen Bank / db EST）. Among the 25 752 ryegrass EST sequences,a total of 346 microsatellite sequences were found,which amounted for 1. 344%. The trinucleotide motifs were the most abundant SSRs（ 39. 60%）,followed by the dinucleotide motifs（ 31. 79%）. Among the trinucleotide motifs,GGC /CCG had the highest frequency of 8. 38%,followed by CGC / GCG（ 7. 51%）,GCC / CGG（ 4. 05%） and ATG / TAC（ 2. 02%）. Among the dinucleotide motifs,CT / GA had the highest frequency of 14. 45%,followed by GA / CT（ 10. 98%）. According to these 346 EST sequences containing SSR,193 EST- SSR primer pairs were designed using Primer Premier 5. 0 software. In which,113（ 32. 66%） primer pairs were foundwith the score values over 90. The function analysis was performed for the 113 ESTs by the Blast N and Blast X programs in Gen Bank. Then 72 sequences had homology with 51 kinds of proteins.

关 键 词：黑麦草 EST-SSR 信息分析 引物设计 功能分析 

分 类 号：S543.601[农业科学—作物学]