源于红树林的新型脂肪酶Lip906生物信息学分析  

The Bioinformatic Analysis of the Novel Lipase Lip906 from Mangrove Soil Samples

作　　者：陈小利[1] 张雪玲[1] 吴秀玲[1] 李志红[2] 李荷[1] 

机构地区：[1]广东药科大学基础学院生物化学与分子生物学系,广州510006 [2]三峡大学医学院,宜昌443000

出　　处：《基因组学与应用生物学》2017年第2期805-813,共9页Genomics and Applied Biology

基　　金：广东省科技厅项目近海红树林生境中宏基因组来源漆酶的定向进化及其产业化生产工艺研究(2012B010300021);适合生物乙醇生产的耐热β-葡萄糖苷酶定向进化及产业化生产工艺研究(2013B010404044);广东省教育厅项目热稳定;高活性细菌纤维素酶基因克隆;定向进化及热稳定机制分子解析(2013KJCX0107)共同资助

摘　　要：本研究利用生物信息学在线软件对脂肪酶Lip906的二级结构和模体信息进行预测,同时对其三级结构进行同源建模和模建结果质量评价,预测该蛋白质的活性位点信息,旨在从蛋白质序列特征和分子结构水平理解其在酯类水解过程中的作用。结果表明,模建的Lip906蛋白结构品质较高,具有7段α-螺旋和2组β-折叠结构,是一个典型的α/β类蛋白,表面呈弱负电势分布;Lip906蛋白具有5个不同模体,可能参与不同生化反应或执行不同的功能。这些研究结果对理解Lip906蛋白功能以及配基结合位点定位非常重要,也为脂肪酶Lip906的突变设计提供了理论基础。Aiming to understand lipase lip906s function in ester hydrolysis process from its protein sequence features and molecular structure, we predicted its secondary structure and motif information by online bioinformatics software, proceeded to do homology modeling to generate similar tertiary structure, evaluated the quality of the modeling and estimate the active site of it. The result showed high protein structure protein about the modeling of lip906, suggested lip906 is a typical a/B-like protein with seven α-helix segments and two sets of β-sheet structure, distributing slightly negative electric on its surface, having five different motifs. Each of the motifs may be involved in different biochemical reactions or perform different functions. These findings are very important for understanding lip906s function and ligand binding site positioning, and provide a theoretical basis for designing lip906＇s mutations.

关 键 词：脂肪酶Lip906 三级结构 同源建模 活性位点 

分 类 号：Q55[生物学—生物化学] Q811.4