狐狸PMEL基因密码子使用特性分析  

Analysis of codon operating characteristics of PMEL gene in Vulpes

作　　者：郑晓宁[1] 李丽莎[1] 李祥龙[1,2] 

机构地区：[1]河北农业大学,河北保定071000 [2]河北科技师范学院,河北秦皇岛066004

出　　处：《江苏农业科学》2018年第8期31-36,共6页Jiangsu Agricultural Sciences

基　　金：河北省自然科学基金重点项目(编号:C2016407114)

摘　　要：前黑素小体蛋白(PMEL)对狐狸毛色中黑色素的合成和沉积过程有重要的调控作用。利用Codon W软件和系统聚类分析法等分析狐狸及14种哺乳动物PMEL基因的密码子偏性,为研究PMEL基因蛋白质表达机制提供理论依据。结果表明,狐狸PMEL基因偏好使用的密码子有34个,以G/C结尾密码子的同义密码子相对使用度明显偏高。该基因编码亮氨酸、缬氨酸的2个最优密码子分别为CTG、GTG。狐狸PMEL基因在密码子偏好的使用上与家猫、猎豹相似,但与同源性极高的家犬不同。基于同义密码子相对使用度的系统聚类分析结果表明,家猫和狐狸均为一类,在密码子使用上最为相似。为研究PMEL基因的表达机制及目的蛋白表达水平的提高提供了理论依据。

关 键 词：狐狸 PMEL基因 密码子偏好性 聚类分析 

分 类 号：Q755[生物学—分子生物学]