甲醛固定石蜡包埋穿刺样本杂交捕获法二代测序建库质控要点  

The quality control of library construction for hybrid capture based next-generation sequencing using formalin-fixed and paraffin-embedded puncture samples

作　　者：王伟伟 肖林[2] 姜国忠[1] 师怡[3] 陈刚[3] 吴秀凤[3] 黄榕芳[3] 赵丹珲 徐婉妮 颜彬 刘君君 叶俊毅 张哲 李文才[1] Wang Weiwei;Xiao Lin;Jiang Guozhong;Shi Yi;Chen Gang;Wu Xiufeng;Huang Rongfang;Zhao Danhui;Xu Wanni;Yan Bin;Liu Junjun;Ye Junyi;Zhang Zhe;Li Wencai(Department of Pathology,the First Affiliated Hospital of Zhengzhou University/Department of Pathology,School of Basic Medicine,Zhengzhou University/Henan Key Laboratory for Tumor Pathology,Zhengzhou 450052,China;Laboratory of Pathology,West China Hospital,Sichuan University,Chengdu 610041,China;Department of Pathology,Fujian Cancer Hospital,Fujian Medical University Cancer Hospital,Fuzhou 350014,China;Department of Pathology,Xijing Hospital and School of Basic Medicine,Air Force Medical University,Xi'an 710032,China;Cell and Molecular Diagnosis Center,Sun Yat-sen Memorial Hospital,Sun Yat-sen University,Guangzhou 510120,China;Burning Rock Dx,Guangzhou 510300,China)

机构地区：[1]郑州大学第一附属医院病理科/基础医学院病理学系/河南省肿瘤病理重点实验室,450052 [2]四川大学华西医院病理研究室,成都610041 [3]福建医科大学附属肿瘤医院病理科,福州350014 [4]空军军医大学西京医院/基础医学院病理科,西安710032 [5]中山大学孙逸仙纪念医院细胞分子诊断中心,广州510120 [6]燃石医学,广州510300

出　　处：《中华病理学杂志》2020年第10期1064-1067,共4页Chinese Journal of Pathology

基　　金：河南省科技厅科技攻关项目(161100311400,192102310050);四川省卫计委科研项目(16PJ335)。

摘　　要：目的探讨乳腺癌甲醛固定石蜡包埋(formalin-fixed and paraffin-embedded,FFPE)穿刺样本杂交捕获法二代测序(next-generation sequencing)样本优选条件。方法纳入多中心乳腺癌FFPE穿刺样本共计435例,选取燃石36基因检测试剂盒二代测序数据分析。纳入样本保存时间、切片厚度、降解等级、建库后的浓度、核酸片段大小、下机数据质量等质控信息。结果435例样本中111例核酸总量低于30 ng,剩余28例DNA质量低于C级,最终296例进入质控分析。保存时间分布为:<1年188例;1~2年74例;>2~3年34例,其DNA降解程度分布为:A级(>2500 bp)67例(22.6%);B级(1500~2500 bp)155例(52.4%);C级(<1500 bp)74例(25.0%)。预文库质控合格样本(300 ng)的分布为:A级65例(97.0%);B级138例(89.0%);C级64例(86.0%)。终文库片段大小280 bp以上合格样本分别为:A级66例(98.5%);B级151例(97.4%);C级72例(97.3%)。保存<1年、1~2年、>2~3年样本根据下机数据插入片段质控合格(>170 bp),所占比率分别为:156例(83.0%)、45例(60.8%)和25例(73.5%)。降解程度分布分别为:A级54例(80.6%);B级127例(81.9%);C级46例(62.2%)。结论FFPE穿刺样本杂交捕获法二代测序样本优选条件:(1)切片总厚度不低于50μm;(2)保存时间优选<1年样本;(3)核酸降解优选A级。

关 键 词：甲醛固定 杂交捕获法 核酸片段 石蜡包埋 切片厚度 DNA降解 二代测序 降解程度 

分 类 号：R737.9[医药卫生—肿瘤] R730.43[医药卫生—临床医学]